ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.2.0019精密化 HKL-2000データ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 3DMV解像度 : 1.8→45.69 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.956 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.939 / SU B : 2.738 / SU ML : 0.085 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.131 / ESU R Free : 0.125 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.22292 934 5.1 % RANDOM Rwork 0.18505 - - - obs 0.18702 17262 96.22 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 21.672 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.26 Å2 -0.13 Å2 0 Å2 2- - -0.26 Å2 0 Å2 3- - - 0.39 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.8→45.69 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1326 0 48 212 1586
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.008 0.022 1392 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.001 1.978 1869 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.77 5 169 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.691 23.485 66 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.877 15 252 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg14.795 15 14 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.061 0.2 203 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.003 0.02 1031 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.185 0.2 701 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.293 0.2 945 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.125 0.2 185 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.193 0.2 57 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.174 0.2 27 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.455 1.5 827 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.791 2 1322 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.278 3 622 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.058 4.5 544 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.601 63 - Rwork 0.44 1033 - obs - - 91.41 %