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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dm7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Vps75 Histone Chaperone | ||||||
![]() | Vacuolar protein sorting-associated protein 75 | ||||||
![]() | CHAPERONE / Vps75 (vacuolar protein sorting 75) / NAP1 / histone chaperone / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / protein modification process / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein transport / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / identical protein binding ...H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / protein modification process / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein transport / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, Y. / Marmorstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Vps75 and implications for histone chaperone function. 著者: Tang, Y. / Meeth, K. / Jiang, E. / Luo, C. / Marmorstein, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27801.092 Da / 分子数: 2 / 変異: I80M, I160M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: VPS75, YNL246W, N0890 / プラスミド: modified pRSF-GST fusion / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 25% PEG4000, 100 mM MES, 0.2 M malic acid, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月13日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 45182 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3.5 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 24.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 5.48 / Rsym value: 0.414 / % possible all: 95.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.5 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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