PDB-3dlx: Crystal structure of human 3-oxoacid CoA transferase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dlx

タイトル

Crystal structure of human 3-oxoacid CoA transferase 1

要素

Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / OXCT1 / SCOT / Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1 / Disease mutation /

Mitochondrion (ミトコンドリア) / Transit peptide /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Utilization of Ketone Bodies / cellular ketone body metabolic process /

3-oxoacid CoA-transferase /

succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone catabolic process /

CoA-transferase activity / ketone body catabolic process / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / response to starvation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kavanagh, K.L. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Picaud, S. / Murray, J.W. / Maclean, E.M. / von Delft, F. / Roos, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Wikstrom, M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human 3-oxoacid CoA transferase 1.
著者: Kavanagh, K.L. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Picaud, S. / Murray, J.W. / Maclean, E.M. / von Delft, F. / Roos, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Wikstrom, M. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Oppermann, U.

履歴

登録	2008年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dlx.cif.gz	350.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dlx.ent.gz	284 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dlx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dlx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m3eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kgb-d 1m3e-2 2nrc-1 2nrc-2 3k6m-2 3oxo-1 3oxo-3 3k6m-1 2nrb-1 3cdk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.956, 168.492, 95.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1 / Somatic-type succinyl CoA:3-oxoacid CoA-transferase / Scot-S 分子量: 53150.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OXCT1, OXCT, SCOT / プラスミド: pNic-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55809, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月9日
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.11 Å / Num. all: 92253 / Num. obs: 92253 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 13203 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1M3E

1m3e

解像度: 2.2→48.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 12.701 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Extra density in the active site could not be interpreted and was left unmodelled.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22473	1302	1.4 %	RANDOM
R_work	0.17821	-	-	-
all	0.17887	90754	-	-
obs	0.17887	90754	98.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	-1.34 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13833	0	12	375	14220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	14093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.556	1.969	19096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3	22940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.987	5	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.75	24.432	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.143	15	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.154	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	15857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	9848
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	6709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	7603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.263	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.185	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.097	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	9484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.168	1.5	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.099	2	14677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.93	3	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.898	4.5	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	86	-
R_work	0.234	6472	-
obs	-	-	94.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2579	0.2119	0.3355	1.3094	-0.1649	2.4639	-0.0032	0.1396	-0.1217	-0.109	0.1136	-0.1018	0.1857	0.1064	-0.1104	-0.1872	0.0591	0.0061	-0.1287	-0.0372	-0.2202	26.4793	37.201	-1.4549
2	3.658	-0.0471	1.0204	2.921	-1.0016	2.2526	0.1378	-0.0893	-0.6013	0.0828	0.1551	0.4026	0.592	-0.5336	-0.293	0.0482	-0.1022	-0.0064	0.0668	0.0701	-0.0257	7.963	19.5373	14.3289
3	0.8508	0.3663	0.3383	1.6468	0.4152	2.4056	-0.1166	-0.095	0.2793	0.0019	-0.0086	0.3179	-0.5431	-0.5926	0.1252	-0.0223	0.2194	-0.0143	0.0424	-0.029	-0.091	8.7486	60.4661	9.5129
4	2.2236	0.9615	-0.0976	2.8012	0.6224	3.2077	-0.0613	-0.0421	0.5624	-0.1722	0.2238	-0.162	-0.8393	0.4163	-0.1625	0.3213	-0.0539	-0.0405	-0.0686	-0.0854	0.0591	34.3257	76.7309	6.6061
5	1.5031	-0.3852	0.4222	1.7258	-0.1282	1.8685	0.1126	-0.0483	0.1117	-0.0275	-0.0401	-0.4219	-0.0687	0.2043	-0.0725	-0.2349	-0.0155	0.0254	-0.1732	0.0133	-0.1191	46.607	35.766	47.9422
6	2.3786	-0.9254	-0.487	4.0243	-2.1332	4.2166	0.1087	-0.2394	0.3382	0.4748	0.2643	0.486	-0.6763	-0.2883	-0.373	-0.1217	0.0428	0.1078	-0.1263	0.0029	-0.0801	21.0449	51.2478	50.1605
7	1.5895	-0.0955	0.0758	2.051	0.212	1.938	0.1661	-0.2452	-0.4926	0.05	-0.0511	0.1937	0.4893	-0.2416	-0.115	-0.053	-0.0975	-0.1107	-0.1424	0.1221	-0.0214	28.3816	10.7824	52.293
8	5.9308	0.1265	2.6226	3.4935	1.06	3.061	0.3373	0.6805	-1.2024	-0.3315	0.1161	-0.422	0.7139	0.5347	-0.4534	0.2455	0.1018	-0.116	-0.0475	-0.0955	0.3118	47.923	-3.5739	36.9749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	40 - 297	2 - 259
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	342 - 393	304 - 355
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	298 - 341	260 - 303
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	394 - 519	356 - 481
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	40 - 285	2 - 247
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	342 - 393	304 - 355
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	299 - 341	261 - 303
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	394 - 518	356 - 480
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	40 - 285	2 - 247
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	342 - 393	304 - 355
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	299 - 341	261 - 303
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	394 - 519	356 - 481
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	40 - 286	2 - 248
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	342 - 393	304 - 355
15	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	302 - 341	264 - 303
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	394 - 519	356 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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