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- PDB-3dls: Crystal structure of human PAS kinase bound to ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dls
タイトルCrystal structure of human PAS kinase bound to ADP
要素PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / PAS KINASE / PASK / PROTEIN KINASE / DRUG DISCOVERY / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glucagon secretion / negative regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of respiratory gaseous exchange / energy homeostasis / phosphatidylinositol binding / positive regulation of translation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...regulation of glucagon secretion / negative regulation of glycogen biosynthetic process / regulation of respiratory gaseous exchange / energy homeostasis / phosphatidylinositol binding / positive regulation of translation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PAS domain / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Antonysamy, S. / Bonanno, J.B. / Romero, R. / Russell, M. / Iizuka, M. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Rutter, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural bases of PAS domain-regulated kinase (PASK) activation in the absence of activation loop phosphorylation.
著者: Kikani, C.K. / Antonysamy, S.A. / Bonanno, J.B. / Romero, R. / Zhang, F.F. / Russell, M. / Gheyi, T. / Iizuka, M. / Emtage, S. / Sauder, J.M. / Turk, B.E. / Burley, S.K. / Rutter, J.
履歴
登録2008年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
B: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
C: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
D: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
E: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
F: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,27731
ポリマ－227,2526
非ポリマー3,02525
水5,044280
1
A: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4006
ポリマ－37,8751
非ポリマー5245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4006
ポリマ－37,8751
非ポリマー5245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4006
ポリマ－37,8751
非ポリマー5245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3755
ポリマ－37,8751
非ポリマー5004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3514
ポリマ－37,8751
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3514
ポリマ－37,8751
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
A: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
B: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
C: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,19918
ポリマ－113,6263
非ポリマー1,57315
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area38530 Å2
手法PISA
8
D: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子

E: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子

F: PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,07813
ポリマ－113,6263
非ポリマー1,45210
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_465x-1,y+1,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.778, 85.840, 94.154
Angle α, β, γ (deg.)77.280, 77.500, 60.090
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PAS domain-containing serine/threonine-protein kinase / PAS-kinase / PASKIN / hPASK


分子量: 37875.270 Da / 分子数: 6 / 断片: PROTEIN KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PASK, KIAA0135 / 発現宿主: BACULOVIRUS (ウイルス) / 株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q96RG2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 10% GLYCEROL, 18% PEG 3350, 150 mM CALCIUM ACETATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 96809

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化最高解像度: 2.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数
Rfree0.297 -
Rwork0.241 -
all0.244 96809
obs0.244 96809
原子変位パラメータBiso max: 81.99 Å2 / Biso mean: 37.365 Å2 / Biso min: 2.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13263 0 181 280 13724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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