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- PDB-3dlq: Crystal structure of the IL-22/IL-22R1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dlq
タイトルCrystal structure of the IL-22/IL-22R1 complex
要素
  • Interleukin-22
  • Interleukin-22 receptor subunit alpha-1
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / cytokine-receptor complex / fibronectin-III / Cytokine / Glycoprotein / Polymorphism / Secreted / Membrane / Receptor / Transmembrane / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-20 binding / interleukin-22 receptor binding / interferon receptor activity / interleukin-22 receptor activity / cytokine receptor activity / Interleukin-20 family signaling / response to glucocorticoid / cytokine activity / acute-phase response / cytokine-mediated signaling pathway ...interleukin-20 binding / interleukin-22 receptor binding / interferon receptor activity / interleukin-22 receptor activity / cytokine receptor activity / Interleukin-20 family signaling / response to glucocorticoid / cytokine activity / acute-phase response / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / defense response to Gram-negative bacterium / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-22 / Interleukin 22 IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Interleukin-22 / Interleukin 22 IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-22 receptor subunit alpha-1 / Interleukin-22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bleicher, L. / de Moura, P.R. / Watanabe, L. / Colau, D. / Dumoutier, L. / Renauld, J.-C. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the IL-22/IL-22R1 complex and its implications for the IL-22 signaling mechanism
著者: Bleicher, L. / de Moura, P.R. / Watanabe, L. / Colau, D. / Dumoutier, L. / Renauld, J.-C. / Polikarpov, I.
履歴
登録2008年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Interleukin-22
R: Interleukin-22 receptor subunit alpha-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2782
ポリマ－41,2782
非ポリマー00
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.244, 79.244, 91.996
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11R-260-

HOH

21R-261-

HOH

31R-397-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-22 / IL-22 / IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / IL-TIF


分子量: 17123.664 Da / 分子数: 1 / 断片: cytokine, UNP residues 29-179 / 変異: C40A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL22 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q9GZX6
#2: タンパク質 Interleukin-22 receptor subunit alpha-1 / IL-22R-alpha-1 / Cytokine receptor family 2 member 9 / CRF2-9


分子量: 24154.371 Da / 分子数: 1 / 断片: soluble portion, UNP residues 18-228 / 変異: C204L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL22RA1 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q8N6P7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 % / Mosaicity: 0.877 °
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.9M Sodium Acetate, 1mM Triton X-100, 0.1M HEPES, pH 7.5, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日
詳細: Vertical Collimating Mirror, DCM, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Double Flat Si(111) Crystal Monochromator with Fixed-exit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 27404 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.972.40.30525921.0694.8
1.97-2.052.70.25327461.03698.8
2.05-2.142.80.19327411.06399.1
2.14-2.252.80.17627241.0599
2.25-2.392.80.14727391.01299.4
2.39-2.582.80.13227671.02699.4
2.58-2.842.90.11227131.01898.8
2.84-3.252.90.10627811.03999.7
3.25-4.092.90.08927871.01100
4.09-502.90.09928141.05599.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1M4R, 1TFH

1m4r

1tfh


解像度: 1.9→19.811 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.834 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 1375 5.02 %RANDOM
Rwork0.1923 ---
all0.1946 27916 --
obs0.1946 27377 98.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.902 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.35 Å2 / Biso mean: 30.241 Å2 / Biso min: 11.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.258 Å20 Å20.449 Å2
2---0.187 Å20 Å2
3----0.071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2689 0 0 309 2998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0093696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1381023
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.897-1.9650.3171240.2422304242887
1.965-2.0440.251450.2042614275999
2.044-2.1360.2421490.1722607275699
2.136-2.2490.2351450.1742593273899
2.249-2.390.2961410.1822601274299
2.39-2.5740.2531300.1922656278699
2.574-2.8320.2331270.1852604273199
2.832-3.240.2341290.18226622791100
3.24-4.0770.1961280.17126902818100
4.077-19.8120.231570.2152671282899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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