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万見
- PDB-3dlb: Crystal structure of the guide-strand-containing Argonaute protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dlb
タイトルCrystal structure of the guide-strand-containing Argonaute protein silencing complex
要素
  • DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DA)-3')
  • argonaute
キーワードNucleic Acid Binding Protein/dna / argonaute / PROTEIN-DNA COMPLEX / Plasmid / Nucleic Acid Binding Protein-dna COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain ...paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, Y. / Sheng, G. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of the guide-strand-containing argonaute silencing complex.
著者: Wang, Y. / Sheng, G. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2008年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: argonaute
B: argonaute
X: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DA)-3')
Y: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DA)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7064
ポリマ－159,7064
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area59360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.846, 123.399, 84.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22A

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PHEPHEPROPROBB10 - 10010 - 100
211PHEPHEPROPROAA10 - 10010 - 100
112GLUGLUPROPROBB180 - 250180 - 250
212GLUGLUPROPROAA180 - 250180 - 250
122LYSLYSARGARGBB320 - 640320 - 640
222LYSLYSARGARGAA320 - 640320 - 640

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 argonaute


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / プラスミド: PET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DA)-3')


分子量: 3124.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% PEGMME550, 0.1M KCl, 10mM MgCl2, 50 mM Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 308K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2Tris HCl11
3MgCl212
4Tris HCl12
5PEGMME55012
6KCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918, 0.97929
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
20.979291
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 42559 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 34.47 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.17 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2931 2188 5.1 %RANDOM
Rwork0.2543 ---
all-43847 --
obs-41328 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.033 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.553 Å20 Å2-4.161 Å2
2---2.722 Å20 Å2
3----4.831 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9561 186 0 48 9795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0229538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8742.00113058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.53351236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85821.108352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.681151298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.39915102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.23956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.26279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5571.56279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99129642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51933778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5814.53416
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1685loose positional0.515
22205loose positional1.245
1685loose thermal2.0610
22205loose thermal2.1810
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5 166 -
Rwork0.407 2982 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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