[日本語] English
万見
- PDB-3dkm: Crystal structure of the HECTD1 CPH domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dkm
タイトルCrystal structure of the HECTD1 CPH domain
要素E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1
キーワードLIGASE / UBL CONJUGATION / UBL CONJUGATION PATHWAY / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / ANK repeat / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


heart valve development / HECT-type E3 ubiquitin transferase / aorta development / ventricular septum development / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FKBP3, basic tilted helix bundle domain / Basic tilted helix bundle domain / E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1/TRIP12-like / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / HECT domain ...FKBP3, basic tilted helix bundle domain / Basic tilted helix bundle domain / E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1/TRIP12-like / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / SH3 Domains / Galactose-binding-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / SH3 type barrels. / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Walker, J.R. / Qiu, L. / Li, Y. / Bountra, C. / Wolkstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the CPH domain of the E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1.
著者: Walker, J.R. / Qiu, L. / Li, Y. / Bountra, C. / Wolkstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2008年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0371
ポリマ－10,0371
非ポリマー00
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.710, 45.564, 51.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HECTD1 / HECT domain-containing protein 1 / E3 ligase for inhibin receptor / EULIR


分子量: 10036.979 Da / 分子数: 1 / 断片: CPH DOMAIN, UNP residues 1271-1343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HECTD1, KIAA1131 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9ULT8, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 % PEG 5000, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 10709 / Num. obs: 10709 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 40.84
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 11.103 / Num. unique all: 937 / Rsym value: 0.156 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DK3

2dk3


解像度: 1.6→27.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.204 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17788 510 4.8 %RANDOM
Rwork0.1559 ---
obs0.15695 10154 98.16 %-
all-10664 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数622 0 0 120 742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.929869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.472580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.5224.06232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6561597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.96154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0970.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5193397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9134614
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2875295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8817255
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 32 -
Rwork0.16 625 -
obs--85.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
125.66685.0758-4.48115.94081.45415.01370.0332-1.7666-0.05010.8025-0.1269-1.57530.11951.10130.0937-0.00770.0151-0.04890.11290.0272-0.008526.8211-0.98841.8299
23.2089-6.9514-0.131421.7142-3.12366.5966-0.2975-0.2630.28050.85820.0897-0.7736-0.01520.43740.2079-0.04040.0114-0.0325-0.05690.0131-0.103723.02275.266443.3614
31.4834-1.145-2.22913.37012.84644.9708-0.0423-0.0473-0.03720.02320.06060.01350.07640.0613-0.0183-0.11450.0077-0.0126-0.1180.0007-0.144621.694510.382931.7681
43.6721.5813-0.8223.4993-1.05950.707-0.12030.20820.3055-0.28330.13280.23750.0164-0.0232-0.0124-0.09470.0083-0.003-0.08590.0195-0.123920.545514.290624.2269
51.73082.764-1.494925.0775-1.52981.3267-0.0444-0.1777-0.02580.66720.0410.80330.0247-0.02130.0034-0.11-0.0030.0016-0.06620.0215-0.104112.69878.497238.4891
61.835-0.4532-0.03515.8505-0.47131.15160.0032-0.0256-0.0141-0.0410.02170.0904-0.02170.0258-0.0249-0.1125-0.0044-0.0002-0.1132-0.0001-0.160916.93768.341831.404
712.4503-1.0514-6.988810.81928.12719.21690.0862-1.42480.25740.90820.3803-0.59870.52821.3686-0.4665-0.0395-0.002-0.02280.0804-0.0167-0.072627.469315.775639.9677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1264 - 126910 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2AA1270 - 127616 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3AA1277 - 128923 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4AA1290 - 130136 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5AA1302 - 131048 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6AA1311 - 133557 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7AA1336 - 134282 - 88

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る