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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dki | ||||||
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タイトル | 2.1 A X-ray structure of CysM (Rv1336) from Mycobacterium tuberculosis an O-phosphoserine dependent cysteine synthase | ||||||
![]() | Cysteine synthase B | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Cysteine synthase / O-phosphoserine / CysO(Rv1335) / Pyridoxal-phosphate / PLP / Amino-acid biosynthesis / Cysteine biosynthesis / Pyridoxal phosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() [CysO sulfur-carrier protein]-thiocarboxylate-dependent cysteine synthase / Cysteine synthesis from O-phosphoserine / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agren, D. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cysteine Synthase (CysM) of Mycobacterium tuberculosis Is an O-Phosphoserine Sulfhydrylase: EVIDENCE FOR AN ALTERNATIVE CYSTEINE BIOSYNTHESIS PATHWAY IN MYCOBACTERIA 著者: Agren, D. / Schnell, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2q3bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34952.234 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6-tag removed by Thrombin cleavage 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: cysM, Rv1336 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P63873, UniProt: P9WP53*PLUS, O-phosphoserine sulfhydrylase #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.1M K2HPO4, 4.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日 詳細: Channel cut ESRF monochromator, Torodial focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 38897 / Num. obs: 38431 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5613 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Q3B 解像度: 2.1→28.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.198 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.6 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.102 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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