PDB-3djx: Bovine Seminal Ribonuclease- cytidine 5' phosphate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3djx

タイトル

Bovine Seminal Ribonuclease- cytidine 5' phosphate complex

要素

Seminal ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease / Allosteric enzyme / Endonuclease / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Dossi, K. / Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Mapping the ribonucleolytic active site of bovine seminal ribonuclease. The binding of pyrimidinyl phosphonucleotide inhibitors
著者: Dossi, K. / Tsirkone, V.G. / Hayes, J.M. / Matousek, J. / Pouckova, P. / Soucek, J. / Zadinova, M. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D.

履歴

登録	2008年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3djx.cif.gz	70.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3djx.ent.gz	53.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3djoC 3djpC 3djqC 3djvC 1r5dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3djq-d 11ba-d 3djo-d 3djv-d 3bco-d 1r5c-d 3bcm-d 11bg-d 1y92-d 1tq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Seminal ribonuclease

B: Seminal ribonuclease

ヘテロ分子

27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.585, 59.016, 82.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Seminal ribonuclease / Seminal RNase / S-RNase / Ribonuclease BS-1 分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00669, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8088 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月14日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8088 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→27.775 Å / Num. all: 26589 / Num. obs: 26554 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.968 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4382 / R_sym value: 0.445 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
MAR345		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1R5D

1r5d

解像度: 1.69→27.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.413 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20428	1326	5 %	RANDOM
R_work	0.16862	-	-	-
obs	0.17036	25228	97.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.196 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→27.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1882	0	42	307	2231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	1.971	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.844	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.825	24.865	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.498	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.941	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.685	1.5	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.14	2	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.862	3	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.907	4.5	648

LS精密化シェル

解像度: 1.688→1.732 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	72	-
R_work	0.199	1706	-
obs	-	-	89.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4828	-0.4176	-1.0676	1.8274	1.1575	9.1638	0.0796	-0.4102	0.0757	0.2785	-0.0813	-0.0981	0.078	0.4673	0.0018	0.0324	-0.0214	-0.011	0.053	0.0098	-0.0004	11.0869	19.5633	23.2512
2	6.1972	-2.9073	2.3211	6.9707	-5.0435	4.8553	0.1778	0.4762	0.2624	-0.4547	-0.1693	0.0383	0.2677	0.0696	-0.0084	0.0521	0.009	-0.0094	0.0481	0.0118	0.0134	6.9156	22.6248	9.5224
3	4.2087	1.3484	-0.0479	2.3685	-1.2108	3.6246	-0.0008	0.0879	0.0281	-0.2034	0.0584	0.2587	0.0907	-0.2203	-0.0576	0.0043	-0.0036	0.0018	0.0185	-0.0041	0.0407	18.6649	27.3673	5.5442
4	13.0913	-7.0931	-6.6838	14.0693	14.1338	14.2191	0.0627	-0.9927	0.0875	1.1964	-0.0782	0.0005	0.2167	-0.0585	0.0155	0.0693	-0.017	0.0203	0.1233	-0.0188	-0.0347	23.8402	32.1517	16.7676
5	3.1194	0.4774	-0.745	1.0691	0.003	1.1704	0.0336	0.0146	-0.0166	-0.0383	-0.0089	0.0142	-0.0322	-0.0311	-0.0247	0.0494	-0.0016	-0.0061	0.017	-0.0049	0.0458	34.0825	31.2999	1.6962
6	1.5409	-0.0243	-0.6415	5.4957	4.4445	6.3974	0.1397	-0.0063	0.0237	-0.1891	0.091	-0.1614	-0.3394	-0.0571	-0.2306	0.053	-0.0245	0.0083	-0.0114	0.0003	0.0146	42.9924	43.3913	3.1774
7	5.1531	2.3396	0.8043	3.0243	0.7488	2.2369	-0.0618	0.5198	-0.1585	-0.2375	0.1862	-0.1396	0.0255	0.1631	-0.1244	0.0771	0.0099	-0.0071	0.0446	0.0051	0.0235	36.4585	35.2873	-4.6086
8	3.5274	0.3059	-2.7376	3.9664	-1.7632	8.6895	0.5019	-0.0605	0.6684	0.2711	-0.0906	0.143	-0.6892	-0.6932	-0.4113	0.0133	0.0257	0.0281	0.0005	-0.0342	0.0905	18.1727	39.4369	6.4562
9	2.7156	-1.7351	-2.4921	2.2639	-2.825	19.1765	0.2919	-0.7885	-0.008	0.3345	0.393	0.6199	-0.1352	-0.5836	-0.6849	-0.0258	-0.0003	0.0762	0.0936	-0.0265	0.0503	15.3267	35.8232	14.5517
10	21.5334	5.1156	-19.4263	1.2188	-4.4461	25.7071	-0.1704	0.6104	-0.053	-0.1851	0.1398	0.2481	0.1969	-0.5929	0.0306	0.0618	0.0211	-0.0294	-0.0145	0.0344	0.057	22.0939	34.7179	-3.7659
11	5.042	-1.8934	4.7816	1.6843	-1.6916	5.8969	-0.1053	0.2611	0.0907	-0.0241	0.026	-0.0289	-0.198	0.1619	0.0793	0.0417	-0.0194	-0.0087	0.0233	0.0176	0.035	38.3472	37.1785	0.4721
12	5.2289	-4.1254	2.8667	4.6719	-1.6191	3.0472	-0.1375	-0.1416	0.2166	-0.012	0.1138	-0.1471	-0.0764	-0.0829	0.0238	0.0462	-0.0271	-0.0104	0.0256	0.0134	0.0594	39.9343	35.4128	5.0675
13	6.4253	0.5445	1.318	2.5131	-0.1408	3.2579	-0.0278	-0.4886	-0.1047	0.1884	-0.0784	-0.1099	-0.1123	-0.0107	0.1062	0.0256	-0.0116	-0.0021	0.0445	0.0174	0.0092	34.8746	28.5582	10.5551
14	2.9313	0.6319	-1.8076	0.8172	-0.5327	1.1447	-0.0968	0.3205	0.112	-0.1641	0.1165	-0.0078	-0.0019	-0.1276	-0.0197	0.034	-0.0186	0.0199	0.0343	-0.0093	0.0279	20.7197	20.698	0.6808
15	1.7061	1.7656	0.2725	3.9547	0.565	2.3952	0.1128	0.0777	-0.0253	-0.111	-0.0346	-0.0709	-0.0728	0.0973	-0.0782	0.0003	-0.0092	0.0122	0.0463	0.0085	0.0326	18.2891	20.9614	11.8511
16	20.5434	-17.45	1.7839	14.8991	-2.2824	7.8383	0.1082	-0.6337	-0.0959	0.8367	0.1442	-1.0039	-0.0407	0.9486	-0.2524	0.0076	-0.0322	-0.0856	0.1424	0.0224	0.0675	22.8318	15.8649	17.7353
17	2.0189	-0.191	-0.6396	1.2	-0.4131	1.6127	0.0375	-0.0276	-0.0508	0.0325	-0.0104	0.0136	0.0427	-0.0483	-0.0271	0.0533	0.0047	-0.012	0.0356	-0.0093	0.0396	3.6519	16.2411	14.5518
18	14.8873	-8.9893	8.0923	11.0608	-6.4416	4.8282	0.0453	0.0612	-0.4562	-0.0708	0.2005	0.3537	0.1129	0.0162	-0.2458	0.0591	-0.0307	-0.0118	0.0435	0.0312	-0.015	0.6474	2.9437	20.9532
19	2.1505	-0.6505	2.2531	6.4396	-6.9746	13.5071	0.0342	-0.0464	-0.1083	0.036	0.325	0.2979	0.0334	-0.4979	-0.3592	0.0033	-0.0067	0.0019	0.0459	0.0196	0.0173	-2.8123	8.9881	19.1714
20	7.7068	0.1993	-0.1154	1.8318	0.1732	1.5291	0.0125	0.0614	-0.197	-0.0667	0.0043	-0.1122	0.1627	0.0395	-0.0169	0.0927	0.0157	-0.0034	0.031	-0.0072	0.0139	8.5851	12.9531	7.1701
21	12.9803	3.9273	14.7368	16.5293	15.539	35.0339	0.0804	1.0311	-0.0486	-0.3018	-0.0371	-0.6878	0.3748	3.1176	-0.0432	-0.0681	0.1532	0.0629	0.2549	0.1087	0.0514	27.9989	10.0473	9.2945
22	11.1255	4.0877	-1.4602	3.2466	1.8673	4.3837	-0.091	0.6785	0.2306	-0.1921	0.0722	0.0113	0.2356	0.2154	0.0188	0.0597	0.0277	0.0121	0.0187	-0.0057	0.0289	15.59	12.7906	3.6568
23	2.1303	0.5352	0.4335	1.6484	-0.8183	8.56	0.0627	0.0992	-0.0433	-0.1644	0.0034	0.0243	0.3352	-0.139	-0.066	0.0621	0.0003	0.0046	0.0205	-0.0065	0.011	1.2652	11.0545	11.6749
24	1.0046	-0.7729	-1.2067	3.8356	3.7325	8.3925	0.0704	0.0078	-0.0582	0.0103	0.0331	0.0054	0.0557	-0.0271	-0.1035	0.0422	-0.0054	-0.0045	0.0314	0.0062	0.0184	2.5939	13.1464	21.198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 11	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	12 - 18	12 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	19 - 33	19 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	34 - 39	34 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	40 - 59	40 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	60 - 71	60 - 71
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	72 - 82	72 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	83 - 90	83 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	91 - 97	91 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	98 - 103	98 - 103
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	104 - 112	104 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	113 - 124	113 - 124
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	1 - 14	1 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	15 - 27	15 - 27
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	28 - 33	28 - 33
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	34 - 39	34 - 39
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	40 - 61	40 - 61
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	62 - 68	62 - 68
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	69 - 77	69 - 77
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	78 - 86	78 - 86
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	87 - 95	87 - 95
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	96 - 101	96 - 101
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	102 - 110	102 - 110
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	111 - 124	111 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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