PDB-3djm: CRYSTAL STRUCTURE OF A PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION FROM DUF427 FA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3djm

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PROTEIN OF UNKNOWN FUNCTION FROM DUF427 FAMILY (RSPH17029_0682) FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES 2.4.1 AT 2.51 A RESOLUTION

要素

Uncharacterized Protein DUF427

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

Domain of unknown function (DUF427) / Domain of unknown function DUF427 / Superfamily of unknown function DUF427 / Domain of unknown function (DUF427) / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta / NTP_transf_9 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Protein of unknown function (DUF427) (YP_001042567.1) from RHODOBACTER SPHAEROIDES ATCC 17029 at 2.51 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3djm.ent.gz	97.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	3djm_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djm	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6z72-1 2fb6-d 4fbo-2 1m4c-2 4fbo-1 4ked-2 3s60-d 5vea-d 2dir-d 1m4c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 376596

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 376596

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized Protein DUF427

B: Uncharacterized Protein DUF427

C: Uncharacterized Protein DUF427

D: Uncharacterized Protein DUF427

E: Uncharacterized Protein DUF427

ヘテロ分子

65 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Uncharacterized Protein DUF427

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized Protein DUF427

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized Protein DUF427

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Uncharacterized Protein DUF427

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Uncharacterized Protein DUF427

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.403, 93.087, 128.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	GLU	2	A	A	7 - 36	8 - 37
2	1	ILE	GLU	2	B	B	7 - 36	8 - 37
3	1	ILE	GLU	2	C	C	7 - 36	8 - 37
4	1	ILE	GLU	2	D	D	7 - 36	8 - 37
5	1	ILE	GLU	2	E	E	7 - 36	8 - 37
6	2	GLY	ASP	5	A	A	37 - 40	38 - 41
7	2	GLY	ASP	5	B	B	37 - 40	38 - 41
8	2	GLY	ASP	5	C	C	37 - 40	38 - 41
9	2	GLY	ASP	5	D	D	37 - 40	38 - 41
10	2	GLY	ASP	5	E	E	37 - 40	38 - 41
11	3	PRO	ALA	2	A	A	41 - 63	42 - 64
12	3	PRO	ALA	2	B	B	41 - 63	42 - 64
13	3	PRO	ALA	2	C	C	41 - 63	42 - 64
14	3	PRO	ALA	2	D	D	41 - 63	42 - 64
15	3	PRO	ALA	2	E	E	41 - 63	42 - 64
16	4	CYS	LEU	4	A	A	64 - 66	65 - 67
17	4	CYS	LEU	4	B	B	64 - 66	65 - 67
18	4	CYS	LEU	4	C	C	64 - 66	65 - 67
19	4	CYS	LEU	4	D	D	64 - 66	65 - 67
20	4	CYS	LEU	4	E	E	64 - 66	65 - 67
21	5	LYS	TYR	2	A	A	67 - 115	68 - 116
22	5	LYS	TYR	2	B	B	67 - 115	68 - 116
23	5	LYS	TYR	2	C	C	67 - 115	68 - 116
24	5	LYS	TYR	2	D	D	67 - 115	68 - 116
25	5	LYS	TYR	2	E	E	67 - 115	68 - 116

#1: タンパク質	Uncharacterized Protein DUF427 分子量: 12928.037 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 遺伝子: YP_001042567.1, RHOS4_05540, RSP_1974 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q3J512
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20.0% polyethylene glycol 3350, 0.2M sodium formate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97929,0.97915

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月16日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97929	1
3	0.97915	1

反射

解像度: 2.51→28.831 Å / Num. obs: 27752 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 66.104 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.51-2.58	3.6	0.681	1.1	7168	2017	0.681	99.2
2.58-2.65	3.5	0.557	1.4	6965	1963	0.557	99.4
2.65-2.72	3.5	0.477	1.6	6781	1916	0.477	99.6
2.72-2.81	3.5	0.367	2.1	6486	1842	0.367	99.5
2.81-2.9	3.5	0.273	2.8	6362	1817	0.273	99.7
2.9-3	3.5	0.207	3.7	6190	1754	0.207	99.8
3-3.11	3.5	0.157	4.9	5874	1673	0.157	99.7
3.11-3.24	3.5	0.118	6.3	5797	1636	0.118	99.5
3.24-3.38	3.6	0.099	7	5556	1562	0.099	99.5
3.38-3.55	3.6	0.087	7.9	5371	1499	0.087	99.7
3.55-3.74	3.7	0.076	8.3	5301	1443	0.076	99.9
3.74-3.97	3.8	0.07	9.2	5147	1358	0.07	100
3.97-4.24	3.9	0.059	10.9	5045	1292	0.059	100
4.24-4.58	3.9	0.052	12.6	4675	1189	0.052	100
4.58-5.02	3.9	0.045	14.1	4385	1121	0.045	100
5.02-5.61	3.9	0.043	15.2	3958	1020	0.043	100
5.61-6.48	3.8	0.051	12.4	3421	900	0.051	100
6.48-7.94	3.7	0.048	13.4	2914	785	0.048	100
7.94-11.23	3.6	0.035	18.7	2253	624	0.035	100
11.23-29.48	3.2	0.029	20.3	1106	341	0.029	92.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.51→28.831 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 19.102 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.241
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1396	5 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.213	27700	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→28.831 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4290	0	20	153	4463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.975	5954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	3	7326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.6	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.585	23.864	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.806	15	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.174	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.189	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.524	3	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.243	3	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.381	5	4443
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.031	8	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.184	11	1510

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	598	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	B	598	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	C	598	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	D	598	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
5	E	598	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	755	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.25
2	B	755	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.25
3	C	755	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.25
4	D	755	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.25
5	E	755	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.25
1	A	30	LOOSE POSITIONAL	1.33	1.5
2	B	30	LOOSE POSITIONAL	1.3	1.5
3	C	30	LOOSE POSITIONAL	1.42	1.5
4	D	30	LOOSE POSITIONAL	1.28	1.5
5	E	30	LOOSE POSITIONAL	1.1	1.5
1	A	598	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
2	B	598	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
3	C	598	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
4	D	598	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
5	E	598	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	A	755	MEDIUM THERMAL	0.35	1
2	B	755	MEDIUM THERMAL	0.26	1
3	C	755	MEDIUM THERMAL	0.26	1
4	D	755	MEDIUM THERMAL	0.22	1
5	E	755	MEDIUM THERMAL	0.32	1
1	A	30	LOOSE THERMAL	4.8	10
2	B	30	LOOSE THERMAL	6.17	10
3	C	30	LOOSE THERMAL	6.38	10
4	D	30	LOOSE THERMAL	2.87	10
5	E	30	LOOSE THERMAL	1.69	10

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	110	-
R_work	0.358	1901	-
all	-	2011	-
obs	-	-	98.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3334	1.9892	-0.4888	3.9737	0.0065	1.487	0.2172	0.0091	-0.1707	0.2311	-0.1826	-0.3467	0.1504	0.2039	-0.0346	-0.2429	0.0706	-0.0192	-0.1347	0.0603	-0.1311	31.9038	58.8139	64.2058
2	1.984	-1.0355	0.2148	2.871	-1.628	1.0093	0.0049	0.1991	0.1477	0.2312	0.1585	-0.1564	-0.2132	0.2014	-0.1635	0.13	0.0154	-0.0294	-0.1245	0.0377	-0.1537	8.2275	64.7688	115.9092
3	0.8864	0.3825	-0.0337	2.2547	0.8774	3.6111	-0.107	-0.1435	-0.2316	0.0618	-0.0254	-0.1637	0.089	0.1955	0.1324	-0.0074	0.0096	0.1568	-0.0964	0.0767	-0.0441	14.2386	28.6888	91.0923
4	3.0492	0.8966	0.2536	2.6378	0.4045	0.7759	-0.1244	0.1052	-0.1843	-0.3889	0.3088	-0.8459	-0.4353	0.1921	-0.1844	0.0258	-0.093	0.0871	0.1078	0.0201	0.2082	35.5616	49.0367	105.009
5	1.1369	-0.4872	0.5667	3.9419	-1.2842	4.9953	-0.1188	-0.191	-0.044	0.7265	0.251	0.4853	-0.4525	-0.7664	-0.1322	-0.0069	0.0996	0.1648	-0.0495	0.0025	-0.0845	2.0216	55.0743	77.5404

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 115	4 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 115	2 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	6 - 115	7 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	5 - 115	6 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	6 - 115	7 - 116

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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