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- PDB-3dip: Crystal structure of an enolase protein from the environmental ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dip
タイトルCrystal structure of an enolase protein from the environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea
要素enolase
キーワードLYASE / STRUCTURAL GENOMICS / ISOMERASE / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Zhang, F. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an enolase protein from the environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea
著者: Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Zhang, F. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: enolase
B: enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7396
ポリマ－88,3552
非ポリマー3844
水4,161231
1
A: enolase
B: enolase
ヘテロ分子

A: enolase
B: enolase
ヘテロ分子

A: enolase
B: enolase
ヘテロ分子

A: enolase
B: enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,95624
ポリマ－353,4198
非ポリマー1,53716
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
Buried area33030 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area84330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)282.292, 282.292, 282.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432

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要素

#1: タンパク質 enolase


分子量: 44177.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris HCl pH 8.0, 1.5M ammonium sulfate, Vapor diffusion, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.727 Å / Num. all: 33847 / Num. obs: 33847 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 42.2 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 43.1 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 12.9 / Num. measured all: 208049 / Num. unique all: 4831 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.751 / SU B: 8.44 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, ASP321 OBSERVED TO HAVE CYCLIZED WITH AMIDE OF CYS322 - TOGETHER THESE AMINO ACIDS MODELED AS HET GROUP SIC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1728 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.218 33753 100 %-
all-33753 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.69 Å2 / Biso mean: 30.413 Å2 / Biso min: 6.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5566 0 20 231 5817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9687774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7365729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73522.358229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98215870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8951553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23907
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6571.53770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09325852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76332188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8394.51922
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.525 140 -
Rwork0.356 2274 -
all-2414 -
obs-2274 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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