PDB-3di0: Crystal Structure of Dihydrodipicolinate synthase from Staphyloco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3di0

タイトル

Crystal Structure of Dihydrodipicolinate synthase from Staphylococcus aureus

要素

Dihydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / dihydrodipicolinate synthase / lysine biosynthesis / feeb-back inhibition / ping-pong mechanism / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Schiff base

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Tavarekere, G.S.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2008
タイトル: Structural and functional characterization of Staphylococcus aureus dihydrodipicolinate synthase
著者: Girish, T.S. / Sharma, E. / Gopal, B.

履歴

登録	2008年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3di0.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3di0.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3di0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3di0_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3di0_full_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示
XML形式データ	3di0_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	3di0_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/3di0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/3di0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3di1C 1o5kS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3di1-d 6nva-2 3pue-d 3daq-2 5t25-d 6bq7-d 3i7s-d 3puo-d 1dhp-2 6nva-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate synthase

B: Dihydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.686, 118.686, 179.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate synthase / DHDPS 分子量: 32613.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: DHDPS / プラスミド: pet22b-dhdps / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HG25, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月30日 / 詳細: Osmic Mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→102.5 Å / Num. all: 30624 / Num. obs: 30624 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.36→2.48 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / R_sym value: 0.397 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0069	精密化
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O5K

1o5k

解像度: 2.38→22.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 15.027 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24955	1535	5 %	RANDOM
R_work	0.20268	-	-	-
obs	0.20509	28903	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0.43 Å²	0 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→22.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4535	0	12	131	4678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.973	6281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.296	5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.248	25.882	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.575	15	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.116	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.549	1.5	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.055	2	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.973	3	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.116	4.5	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.382→2.444 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	118	-
R_work	0.289	2074	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0246	-0.1089	-0.2685	1.4944	0.1999	2.6339	0.0111	0.1051	-0.0497	0.0446	0.0434	-0.1766	0.2813	0.0546	-0.0544	-0.0862	0.0468	0.0198	-0.1465	-0.0578	-0.0871	-35.573	-32.2283	2.2147
2	1.0144	-0.1917	-0.0061	1.0621	0.5432	2.9053	0.0519	-0.0987	0.1151	0.1114	-0.0968	0.0176	-0.0417	-0.2994	0.0449	-0.0781	0.0172	0.0336	-0.1174	-0.068	-0.0559	-45.7576	-14.0706	28.5117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 291	3 - 291
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 291	3 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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