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万見
- PDB-3dhm: Beta 2 microglobulin mutant D59P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dhm
タイトルBeta 2 microglobulin mutant D59P
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-2-microglobulin / proline / amyloidosis / DRA / beta fibrils / Disease mutation / Glycation / Glycoprotein / Immune response / Immunoglobulin domain / MHC I / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ricagno, S. / Colombo, M. / de Rosa, M. / Bolognesi, M. / Giorgetti, S. / Bellotti, V.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: DE loop mutations affect beta2-microglobulin stability and amyloid aggregation
著者: Ricagno, S. / Colombo, M. / de Rosa, M. / Sangiovanni, E. / Giorgetti, S. / Raimondi, S. / Bellotti, V. / Bolognesi, M.
履歴
登録2008年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8611
ポリマ－11,8611
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.186, 29.189, 55.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11861.384 Da / 分子数: 1 / 変異: D59P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NM_004048 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61769
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Na acetate, PEG 4000, Ammonium acetate, glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日 / 詳細: Toroidal Zerodur mirror
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 9537 / Num. obs: 9537 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1094 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2z9t

2z9t


解像度: 1.8→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.105 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22237 501 5.3 %RANDOM
Rwork0.18955 ---
obs0.19133 9026 94.29 %-
all-9026 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.531 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数836 0 0 71 907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.9461167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8723.0031454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.113599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.75923.86444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26815150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.05155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2340.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1810.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9811.5652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1751.5196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2072823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9483433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7534.5344
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 26 -
Rwork0.241 487 -
obs--69.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.1087 Å / Origin y: 2.0482 Å / Origin z: 15.4215 Å
111213212223313233
T-0.0287 Å2-0.0046 Å20.0063 Å2--0.0561 Å2-0.0057 Å2---0.0188 Å2
L2.3742 °2-0.869 °20.9568 °2-0.8988 °2-0.6661 °2--1.2405 °2
S0.072 Å °0.1232 Å °-0.0853 Å °-0.0051 Å °0.0051 Å °0.0785 Å °-0.0256 Å °-0.0094 Å °-0.077 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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