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万見
- PDB-3dhg: Crystal Structure of Toluene 4-Monoxygenase Hydroxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dhg
タイトルCrystal Structure of Toluene 4-Monoxygenase Hydroxylase
要素(toluene 4-monooxygenase hydroxylase ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / multicomponent monooxygenase / Aromatic hydrocarbons catabolism / FAD / Flavoprotein / Iron / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like ...TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bailey, L.J. / Mccoy, J.G. / Phillips Jr., G.N. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structural consequences of effector protein complex formation in a diiron hydroxylase.
著者: Bailey, L.J. / McCoy, J.G. / Phillips Jr., G.N. / Fox, B.G.
履歴
登録2008年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月30日Group: Structure summary
改定 1.32016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
D: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
E: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
F: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,95120
ポリマ－212,3256
非ポリマー62614
水26,2841459
1
A: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
B: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
C: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,51511
ポリマ－106,1633
非ポリマー3528
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area30440 Å2
手法PISA
2
D: toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit
E: toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit
F: toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4379
ポリマ－106,1633
非ポリマー2746
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area30320 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.822, 181.481, 89.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asymmetric unit

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要素

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Toluene 4-monooxygenase hydroxylase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 toluene 4-monooxygenase hydroxylase alpha subunit / Alpha hydroxylase


分子量: 58169.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoA / プラスミド: p58KABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6Q8Q7, UniProt: Q00456*PLUS
#2: タンパク質 toluene 4-monooxygenase hydroxylase beta subunit / Beta hydroxylase


分子量: 38392.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoE / プラスミド: p58KABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6Q8Q3, UniProt: Q00460*PLUS
#3: タンパク質 toluene 4-monooxygenase hydroxylase gamma subunit / Toluene-4-monooxygenase system protein B


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoB / プラスミド: p58KABE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

-
非ポリマー , 4種, 1473分子

#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: MEPEG 2K, CaCl2, HEPES, AZIDE, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 91 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9273 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日
放射プロトコル: molecular replacement / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9273 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.3 % / Av σ(I) over netI: 8.8 / 数: 622080 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.01 / D res high: 1.85 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 145120 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.9910099.710.0430.9124.6
3.163.9999.410.0660.9544.4
2.763.1699.510.0871.0584.4
2.512.7699.710.130.994.5
2.332.5199.910.1821.0514.6
2.192.3310010.2321.0614.6
2.082.1910010.2991.0214.5
1.992.0899.910.381.0454.2
1.921.9997.910.4751.0333.8
1.851.929010.55713.3
反射解像度: 1.85→100 Å / Num. obs: 145120 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.012
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.923.30.557132141190
1.92-1.993.80.475143521.033197.9
1.99-2.084.20.38146641.045199.9
2.08-2.194.50.299147201.0211100
2.19-2.334.60.232146621.0611100
2.33-2.514.60.182146991.051199.9
2.51-2.764.50.13146620.99199.7
2.76-3.164.40.087146911.058199.5
3.16-3.994.40.066146350.954199.4
3.99-1004.60.043148210.912199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.421 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.539
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å49.42 Å
Translation3 Å49.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.864 / SU B: 3.19 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 7264 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.167 145056 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.99 Å2 / Biso mean: 24.729 Å2 / Biso min: 10.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.18 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14424 0 16 1459 15899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02115030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.92620450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83151801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14523.909793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.401152496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5415101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.22085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.28117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.210238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.21397
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1430.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0980.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.59117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.411214289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3237015
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4444.56137
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 454 -
Rwork0.244 9064 -
all-9518 -
obs--87.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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