PDB-3dh9: Crystal Structure of Drosophila Thioredoxin Reductase, wild-type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dh9

タイトル

Crystal Structure of Drosophila Thioredoxin Reductase, wild-type

要素

Thioredoxin reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / rossmann / flavoprotein / Alternative initiation / FAD / Mitochondrion / NADP / Redox-active center / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

Detoxification of Reactive Oxygen Species / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / antioxidant activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / determination of adult lifespan / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Eckenroth, B.E. / Hondal, R.J. / Everse, S.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Drosophila Thioredoxin Reductase, wild-type
著者: Eckenroth, B.E. / Hondal, R.J. / Everse, S.J.

履歴

登録	2008年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3dh9.ent.gz	175.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nvk 3dgh
類似構造データ	1h6v-1 2nvk-1 2j3n-2 2zzb-2 2cfy-2 2zz0-2 4kpr-1 1h6v-3 3ean-2 2j3n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (9) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase 1

B: Thioredoxin reductase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.971, 150.971, 267.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	500
2	1	1	4	B	500
1	2	1	4	A	5 - 163
2	2	1	4	B	5 - 163
1	3	1	4	A	291 - 363
2	3	1	4	B	291 - 363
1	1	2	4	A	164 - 290
2	1	2	4	B	164 - 290
1	1	3	4	A	364 - 486
2	1	3	4	B	364 - 486

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 1 / TrxR-1 分子量: 52435.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Trxr-1, GR, CG2151 / プラスミド: pTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P91938, thioredoxin-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M MES, 20% PEG 4000, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→32 Å / Num. obs: 55708 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 5.38 / Num. unique all: 5517 / Χ²: 1.194 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Translation	2.26 Å	31.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
Custom pXSCAN motion control software coupled with the Mar345 data collection software		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→31.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.811 / SU B: 11.708 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	5611	10.1 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.184	55705	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 433.43 Å² / B_iso mean: 14.901 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0.24 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→31.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7384	0	106	512	8002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	7652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.045	1.988	10414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.961	5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.563	24.167	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.558	15	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.26	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.242	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.953	1.5	4940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.492	2	7676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.601	3	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.908	4.5	2738

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1807	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
1	1807	MEDIUM THERMAL	1.08	2
2	979	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	979	MEDIUM THERMAL	0.88	2
3	959	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
3	959	MEDIUM THERMAL	1.01	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	394	-
R_work	0.185	3708	-
all	-	4102	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5275	0.6821	1.323	5.1421	1.5151	3.0481	0.3421	0.1912	-0.1469	-0.3724	-0.1644	0.218	0.135	-0.283	-0.1778	-0.0282	-0.0572	-0.051	0.0761	-0.0301	-0.0864	78.62	166.706	38.692
2	4.6907	2.004	4.3205	1.4794	3.2114	6.9712	-0.0254	0.0097	-0.0213	0.1712	-0.0314	-0.083	-0.2825	-0.3105	0.0569	0.0362	-0.0417	0.067	-0.0042	0.0047	-0.0638	88.143	174.38	55.467
3	1.1514	0.0779	1.5895	3.14	0.4574	2.2334	-0.1591	-0.0678	-0.0672	-0.0419	0.1033	0.0413	-0.6381	-0.1891	0.0557	0.0948	-0.12	0.0612	-0.0257	-0.0181	-0.0763	102.486	178.161	70.057
4	16.0061	-0.3154	6.6223	0.3748	-0.7803	8.7444	-0.4759	-0.6805	1.0443	0.5235	-0.2202	-0.3069	-1.4607	-0.453	0.6961	0.267	-0.1069	-0.0606	-0.1547	-0.0205	0.0535	98.78	187.625	61.685
5	2.6955	3.7786	3.9385	7.8315	9.952	13.5006	0.138	0.3001	-0.1668	0.0202	0.027	-0.1246	-0.2336	0.2777	-0.165	-0.0481	-0.0988	0.0374	0.0321	0.0075	-0.075	92.332	173.245	42.809
6	5.2751	-0.1845	1.2206	2.4877	-0.8306	1.1656	0.3026	0.264	-0.0082	-0.4267	0.0623	0.0535	0.2239	0.2155	-0.3648	-0.0223	-0.0579	-0.0755	0.127	-0.0634	-0.115	78.182	165.695	32.709
7	14.5123	12.4053	-1.8618	16.3175	-1.3048	10.1512	0.1598	0.7008	0.4156	-0.5045	0.4753	0.6144	0.0576	0.4571	-0.6351	-0.0752	-0.0682	-0.0756	0.1172	0.0628	-0.0892	70.674	171.046	29.155
8	1.201	-0.3079	0.7923	0.5519	-0.8788	1.4881	0.095	0.1984	-0.0794	-0.2617	-0.0303	0.4894	0.0565	-0.4381	-0.0647	-0.0949	-0.032	-0.0447	0.2049	0.0362	-0.0155	69.673	172.56	42.116
9	2.5177	0.3661	-1.2673	0.1425	0.262	2.8681	0.2277	0.199	0.1346	0.0352	-0.181	-0.0739	-0.7432	-0.1335	-0.0468	0.0686	0.0566	0.0751	-0.0379	0.0517	-0.0358	78.418	186.75	52.404
10	2.7148	0.442	-0.7999	1.0833	-0.5828	1.5434	-0.0481	0.0157	0.2669	0.0462	0.1594	0.1115	-0.2992	-0.1245	-0.1112	0.0837	0.0404	0.0812	-0.0547	-0.0275	-0.0482	81.995	184.312	63.271
11	1.5239	1.2144	-0.1816	3.7743	-1.2518	1.2102	-0.0768	-0.2002	-0.0867	0.275	0.1823	0.1375	-0.2643	-0.2469	-0.1056	-0.0218	0.0474	0.0975	0.0237	-0.0257	-0.0764	77.625	175.75	73.06
12	4.7664	3.3765	-3.8878	7.3921	-4.6086	8.1426	-0.1476	-0.0807	0.7851	0.455	0.169	0.1459	-0.6425	-0.4185	-0.0213	0.1306	0.2882	0.0968	-0.1262	0.0353	0.1221	71.945	194.754	62.899
13	0.5095	0.2294	0.3211	1.0337	-0.6712	2.4896	0.0013	0.1562	0.3022	0.2521	0.2081	0.4711	-0.5402	-0.6798	-0.2094	0.0209	0.1492	0.1452	0.0375	0.0306	0.0928	70.029	186.015	61.127
14	3.8107	-0.3181	2.7821	2.4639	0.4023	2.2652	0.2831	-0.5284	-0.5231	-0.0364	0.2054	0.6208	0.4668	-0.5819	-0.4885	-0.0969	-0.224	-0.0438	0.1945	0.1126	0.1021	65.636	162.397	46.869
15	1.1667	0.7637	2.8619	4.4632	3.5903	7.861	0.3188	-0.0825	-0.2326	0.0749	0.1274	0.3107	0.7287	-0.6285	-0.4461	-0.0039	-0.1845	-0.0739	0.0204	0.0438	0.017	78.643	156.841	53.418
16	3.8947	1.1255	-0.9743	1.1946	-0.6391	0.8995	0.0235	-0.0813	-0.2237	0.0909	0.1456	0.1082	0.0163	-0.3787	-0.169	-0.0811	-0.0392	0.0789	0.0153	0.0377	-0.0237	76.682	159.525	77.212
17	3.615	2.4775	0.9808	3.5621	-0.1888	1.4797	-0.2157	-0.1151	-0.0254	0.0072	0.2358	0.1197	-0.0989	-0.2748	-0.02	-0.0515	-0.0072	0.1045	-0.0703	0.0155	-0.1057	85.667	162.625	79.277
18	1.2493	0.8043	-0.5459	1.1253	-0.8971	0.7286	-0.0191	0.1293	0.0498	0.1127	0.0925	0.1834	-0.0549	-0.2065	-0.0735	-0.0157	-0.0579	0.0813	-0.03	-0.025	-0.0034	85.009	158.995	69.609
19	6.0797	3.0184	0.618	2.5482	0.4456	0.9524	0.0103	-0.2734	-0.2403	0.0344	0.0616	0.0838	0.1155	-0.0989	-0.0718	0.0257	-0.0465	0.0564	-0.0872	0.0297	-0.0331	89.656	152.472	75.465
20	6.3801	-0.5533	-5.498	5.9346	-0.2836	8.3204	0.1263	-1.179	-0.1816	0.2703	0.0942	-0.2099	-0.1309	0.5358	-0.2206	-0.0229	-0.0761	0.1085	0.0596	0.0401	-0.1012	82.388	159.316	87.321
21	3.2203	-0.3977	2.249	2.2137	1.466	2.9754	0.2754	-0.2269	-0.1949	-0.0332	-0.1203	0.167	-0.235	-0.6208	-0.155	-0.0399	-0.0986	0.0189	0.1128	0.0232	-0.0381	78.026	170.013	48.905
22	2.8105	0.307	-2.4031	0.8397	-0.0795	3.939	0.1104	-0.143	0.0425	0.0166	-0.1029	0.094	0.1824	0.0973	-0.0076	0.1003	-0.0161	0.0496	-0.1442	-0.0016	-0.0852	99.958	147.201	98.241
23	4.2261	1.2331	-1.1251	1.1535	-0.3681	1.4742	-0.0742	-0.3241	-0.0185	0.1431	0.0512	-0.1062	0.2108	0.2994	0.023	0.0209	0.0319	0.0349	-0.0659	-0.0361	-0.1058	111.062	155.528	93.655
24	0.0727	-0.3833	0.1313	3.179	-1.7882	1.2746	-0.1	0.0017	-0.0423	-0.2654	0.1771	0.1778	0.1368	0.0366	-0.077	0.038	-0.0367	0.0449	-0.0146	-0.0463	-0.0354	107.765	164.703	76.451
25	2.5581	-0.2068	1.8823	1.5922	-3.1905	7.2445	-0.1322	0.2653	0.006	0.0417	-0.0281	-0.1566	0.0921	0.4425	0.1603	0.1365	-0.1005	0.0425	-0.0687	-0.0388	-0.0737	103.778	178.207	62.389
26	2.2264	-1.3999	4.3383	10.6049	-7.2517	10.6744	-0.0972	0.539	0.4708	-0.047	-0.2666	-0.2791	-0.3881	1.3745	0.3638	-0.0235	-0.1417	0.0225	0.0115	0.0219	0.0282	114.073	177.715	73.971
27	3.6771	3.9618	-7.5352	5.2385	-7.6114	15.7063	-0.0452	-0.0534	0.0585	0.3133	0.0871	-0.0421	-0.3282	0.2198	-0.042	0.0767	0.0292	0.0199	-0.0881	-0.0373	-0.0496	104.449	165.989	92.137
28	2.641	-0.5456	0.9675	3.2039	0.0828	1.5476	0.0762	-0.388	-0.1218	0.3352	0.0959	0.1534	0.1262	0.1235	-0.1721	0.1096	0.0507	0.0421	-0.1229	0.0154	-0.1566	106.199	148.632	102.259
29	3.5996	-0.0627	-2.2395	0.8562	-0.8407	4.1826	-0.0416	-0.2269	-0.0505	0.2123	0.1594	-0.2422	0.1125	0.3728	-0.1177	0.0125	0.087	-0.0115	-0.1486	-0.0512	-0.0633	115.814	148.078	95.65
30	3.0059	0.6896	-0.6551	3.3302	0.1178	0.968	-0.1681	-0.2493	0.2749	-0.056	0.098	-0.239	-0.0535	0.3427	0.0702	-0.0757	0.0053	0.041	0.0372	-0.0612	-0.017	123.592	161.172	81.955
31	1.3922	0.3298	-0.2812	2.3064	-0.4816	1.4534	0.034	-0.0598	0.001	-0.0674	-0.0951	-0.1563	0.0544	0.336	0.061	-0.0357	-0.0044	0.1108	0.0378	-0.0397	-0.0452	118.667	159.161	69.581
32	3.4829	4.2093	0.9123	5.0938	0.9736	2.7434	-0.0399	0.3534	-0.2344	-0.1154	0.1964	-0.1601	-0.0093	0.3657	-0.1566	0.0105	0.0161	0.134	-0.0172	-0.0551	-0.0558	113.001	156.427	59.373
33	0.2538	-0.5738	-0.2263	1.3471	0.1406	2.969	0.0168	-0.007	0.0008	-0.2334	0.0378	-0.4573	0.0786	0.4965	-0.0545	-0.1534	0.0408	0.1568	0.0865	-0.0585	0.0877	129.968	155.478	71.044
34	3.4679	0.7845	-0.1933	3.4403	1.1046	2.5267	0.0879	0.0118	-0.4458	0.1547	0.0377	-0.2397	0.4437	0.2704	-0.1255	0.1045	0.0722	0.0018	-0.2452	-0.0193	-0.0188	109.611	136.295	91.028
35	4.8234	-2.5553	1.1736	6.3551	-2.0016	3.5411	-0.0884	0.2841	-0.2244	-0.2036	0.0139	0.0189	0.3604	0.0419	0.0744	0.036	0.0021	0.0401	-0.1544	-0.0595	-0.0657	104.644	145.155	81.651
36	2.7173	1.2477	-2.171	2.3616	-5.858	14.9455	-0.0843	0.0998	-0.1636	-0.2156	0.2686	0.1703	1.0156	-0.4009	-0.1842	0.1041	-0.063	0.024	-0.2072	0.0117	-0.0384	93.828	141.207	86.706
37	1.1046	1.1592	-0.6145	1.4567	-0.6736	2.2895	-0.1116	0.054	-0.3224	-0.2321	-0.0588	-0.2007	0.5232	0.1116	0.1705	0.1284	0.0221	0.1255	-0.1056	-0.0784	0.0371	101.801	146.115	60.76
38	0.9812	-0.6892	0.335	7.6833	-1.6477	3.2791	-0.1192	0.3315	0.003	-0.1227	-0.0822	-0.0128	0.1049	0.0751	0.2014	-0.0256	-0.0983	0.0618	-0.013	-0.0584	-0.096	102.1	165.487	54.068
39	6.5561	0.4413	0.1717	7.2522	3.3033	1.5047	-0.6885	0.5286	-0.8757	-0.8788	0.4575	0.0723	0.5673	-0.2775	0.2311	0.3438	-0.2029	0.089	-0.0387	-0.0905	-0.0032	92.747	140.733	56.439
40	0.6062	-0.2437	-0.347	1.358	-0.4427	1.7032	-0.0869	0.1087	-0.1632	-0.244	0.0714	0.0568	0.2886	-0.0549	0.0155	0.053	-0.0924	0.0514	-0.079	-0.0569	-0.0233	91.656	152.892	61.861
41	6.3533	1.9654	-3.9013	2.205	2.4475	10.7581	-0.1497	0.6348	0.1531	-0.4988	-0.1768	0.4649	-0.1963	-0.2831	0.3265	0.2479	-0.1277	-0.0268	-0.023	-0.0992	-0.1138	97.209	150.114	47.158
42	3.3529	1.0529	0.955	2.6358	0.9495	0.4551	0.0837	-0.1127	-0.163	-0.1452	0.1891	0.0709	0.4853	0.0496	-0.2727	0.0599	0.0138	0.0448	-0.069	-0.0354	-0.0293	109.253	152.338	85.587

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 58	1 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	59 - 69	55 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	70 - 87	66 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	88 - 99	84 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	100 - 118	96 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	119 - 134	115 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	135 - 146	131 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	147 - 168	143 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	169 - 183	165 - 179
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	184 - 218	180 - 214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	219 - 245	215 - 241
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	246 - 265	242 - 261
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	266 - 293	262 - 289
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	294 - 335	290 - 331
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	336 - 371	332 - 367
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	372 - 401	368 - 397
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	402 - 426	398 - 422
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	427 - 448	423 - 444
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	449 - 472	445 - 468
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	473 - 486	469 - 482
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	C	500	1
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	5 - 30	1 - 26
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	31 - 59	27 - 55
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	60 - 72	56 - 68
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	73 - 87	69 - 83
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	88 - 102	84 - 98
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	103 - 117	99 - 113
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	118 - 139	114 - 135
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	140 - 168	136 - 164
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	169 - 184	165 - 180
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	185 - 225	181 - 221
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	226 - 243	222 - 239
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	244 - 291	240 - 287
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	292 - 324	288 - 320
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	325 - 340	321 - 336
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	341 - 361	337 - 357
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	B	362 - 397	358 - 393
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	B	398 - 414	394 - 410
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	B	415 - 426	411 - 422
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	B	427 - 472	423 - 468
41	X-RAY DIFFRACTION	41	B	B	473 - 486	469 - 482
42	X-RAY DIFFRACTION	42	B	D	500	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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