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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dh7 | ||||||
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タイトル | Structure of T. thermophilus IDI-2 in complex with PPi | ||||||
![]() | Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / IDI / complex / Plasmid | ||||||
機能・相同性 | ![]() isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Ruyck, J. / Wouters, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of type 2 isopentenyl diphosphate isomerase from Thermus thermophilus in complex with inorganic pyrophosphate 著者: de Ruyck, J. / Pouyez, J. / Rothman, S.C. / Poulter, D. / Wouters, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 71.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36066.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TTHB110 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.41 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.97→20 Å / Num. obs: 49971 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.776 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.97→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.971→3.046 Å / Total num. of bins used: 20
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