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万見
- PDB-3dh3: Crystal Structure of RluF in complex with a 22 nucleotide RNA sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dh3
タイトルCrystal Structure of RluF in complex with a 22 nucleotide RNA substrate
要素
  • Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
  • stem loop fragment of E. Coli 23S RNA
キーワードISOMERASE/RNA / protein-rna complex / S4 domain / alpha/beta protein / Isomerase / RNA-binding / rRNA processing / ISOMERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine2604 synthase / 23S rRNA pseudouridine(2604) synthase activity / tRNA pseudouridine synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, catalytic domain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / : / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase ...Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, catalytic domain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / : / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Dual-specificity RNA pseudouridine synthase RluF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Alian, A. / DeGiovanni, A. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of an RluF-RNA complex: a base-pair rearrangement is the key to selectivity of RluF for U2604 of the ribosome.
著者: Alian, A. / DeGiovanni, A. / Griner, S.L. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2008年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
E: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
F: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA
C: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
G: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA
D: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
H: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,8328
ポリマ－158,8328
非ポリマー00
水88349
1
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
F: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7082
ポリマ－39,7082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14300 Å2
手法PISA
2
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
E: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7082
ポリマ－39,7082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14120 Å2
手法PISA
3
C: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
G: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7082
ポリマ－39,7082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
4
D: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
H: stem loop fragment of E. Coli 23S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7082
ポリマ－39,7082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.552, 84.128, 91.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12E
22F
32G
42H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALSERSER1CE7 - 2407 - 240
21VALVALSERSER1BC7 - 2407 - 240
31VALVALSERSER1DG7 - 2407 - 240
41VALVALSERSER1DG7 - 2407 - 240
12AAGG4EB2587 - 26081 - 22
22AAGG4EB2587 - 26081 - 22
32AAGG4GF2587 - 26081 - 22
42AAGG4FD2587 - 26081 - 22

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F / E.C.5.4.99.- / rRNA-uridine isomerase F / rRNA pseudouridylate synthase F


分子量: 32534.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rluF, yjbC, b4022, JW3982 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P32684, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: RNA鎖
stem loop fragment of E. Coli 23S RNA


分子量: 7173.321 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 200 mM Ammonium acetate, 25% PEG-3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium acetate11
2PEG-335011
3H2O11
4Ammonium acetate12
5PEG-335012
6H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 27018 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
3-3.112.90.4895.1
3.11-3.233.20.36299.2
3.23-3.383.30.27100
3.38-3.563.40.22299.9
3.56-3.783.40.15699.8
3.78-4.073.40.1399.8
4.07-4.483.40.09699.7
4.48-5.133.40.08599.7
5.13-6.463.40.08899.7
6.46-503.30.05798.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.17 Å49.48 Å
Translation3.17 Å49.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ELVES精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2GML

2gml


解像度: 3→49.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 24.057 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.522 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27899 1355 5 %RANDOM
Rwork0.23123 ---
obs0.2336 25651 98.7 %-
all-27006 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7601 1900 0 49 9550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0229836
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8542.22313670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.221315180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9245954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30124.13368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.917151477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4541572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.310.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3240.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4361.54750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0781.51959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83227719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12335086
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9774.55951
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3195tight positional0.040.05
12B3195tight positional0.040.05
13C3195tight positional0.030.05
14D3195tight positional0.040.05
21E659medium positional0.530.5
22F659medium positional0.540.5
23G659medium positional0.490.5
24H659medium positional0.520.5
11A3195tight thermal0.060.5
12B3195tight thermal0.060.5
13C3195tight thermal0.070.5
14D3195tight thermal0.070.5
21E659medium thermal0.722
22F659medium thermal0.722
23G659medium thermal1.162
24H659medium thermal1.092
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 78 -
Rwork0.384 1673 -
obs--87.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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