PDB-3dh1: Crystal structure of human tRNA-specific adenosine-34 deaminase s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dh1

タイトル

Crystal structure of human tRNA-specific adenosine-34 deaminase subunit ADAT2

要素

tRNA-specific adenosine deaminase 2

キーワード

HYDROLASE / tRNA-specific adenosine deaminase / zinc-binding protein / translation / tRNA processing / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-specific adenosine-34 deaminase complex / tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Welin, M. / Tresaugues, L. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human tRNA-specific adenosine-34 deaminase subunit ADAT2.
著者: Welin, M. / Tresaugues, L. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / ...

履歴

登録	2008年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dh1.cif.gz	136.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dh1.ent.gz	106.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3dh1_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dh1_full_validation.pdf.gz	474.7 KB	表示
XML形式データ	3dh1_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	3dh1_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/3dh1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nx8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6j91-d 3q32-1 4fku-d 6j4o-d 3jr1-1 2z1t-d 7lcy-3 3ezr-d 5bvo-d 5r3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA-specific adenosine deaminase 2

B: tRNA-specific adenosine deaminase 2

C: tRNA-specific adenosine deaminase 2

D: tRNA-specific adenosine deaminase 2

ヘテロ分子

85.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA-specific adenosine deaminase 2

D: tRNA-specific adenosine deaminase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: tRNA-specific adenosine deaminase 2

C: tRNA-specific adenosine deaminase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.530, 103.120, 77.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 13 - 172 / Label seq-ID: 17 - 176

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	tRNA-specific adenosine deaminase 2 / tRNA-specific adenosine-34 deaminase subunit ADAT2 / Deaminase domain-containing protein 1 分子量: 21325.348 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 20-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAT2, DEADC1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE 参照: UniProt: Q7Z6V5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2813 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2813 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 18343 / Num. obs: 18284 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.535 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 12.64
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.84 % / R_merge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / Num. unique all: 1802 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2NX8

2nx8

解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 33.561 / SU ML: 0.307 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25614	912	5 %	RANDOM
R_work	0.20237	-	-	-
obs	0.20502	17318	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.535 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.81 Å²	0 Å²	-1.36 Å²
2-	-	5.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5043	0	4	4	5051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.02	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.955	6948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.062	3	8461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.762	5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.953	25.062	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.741	15	910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.05	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5729
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	2701
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.194	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.675	1.5	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.11	1.5	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.665	2	5160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.219	3	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.684	4.5	1788

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	942	medium positional	0.11	0.5
2	B	942	medium positional	0.12	0
3	C	942	medium positional	0.12	0
4	D	942	medium positional	0.12	0
1	A	1172	loose positional	0.3	5
2	B	1172	loose positional	0.3	0
3	C	1172	loose positional	0.3	0
4	D	1172	loose positional	0.3	0
1	A	942	medium thermal	0.42	2
2	B	942	medium thermal	0.34	0
3	C	942	medium thermal	0.39	0
4	D	942	medium thermal	0.39	0
1	A	1172	loose thermal	0.6	10
2	B	1172	loose thermal	0.52	0.01
3	C	1172	loose thermal	0.51	0
4	D	1172	loose thermal	0.5	0

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / R_factor R_free error: 0.394 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	66	-
R_work	0.274	1243	-
obs	-	1243	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1434	4.0518	-1.3333	18.9055	-9.6262	15.5092	0.2061	-0.6148	0.2749	0.3006	0.1925	0.4201	-0.7698	0.2017	-0.3985	-0.0508	0.0032	0.0506	-0.0259	-0.163	-0.1333	9.9834	21.9265	50.3529
2	3.6879	-1.489	3.7397	2.2023	-3.7303	11.3789	-0.1322	0.3635	0.6111	-0.0423	-0.1807	-0.4686	-1.2472	0.4656	0.3129	0.1961	-0.0049	-0.0049	0.051	0.0154	0.2339	15.0662	25.4905	34.7695
3	2.4881	-0.3008	0.5576	1.7783	0.9204	4.3394	0.0918	0.1289	0.0712	-0.1482	0.0288	-0.0577	0.1587	0.099	-0.1207	0.0212	0.0076	0.0382	0.0166	0.0256	0.0824	13.3057	12.7117	33.7554
4	2.6981	1.7648	-0.6396	9.9464	-5.8968	10.006	-0.0033	0.1294	0.7119	-0.2209	-0.0541	-0.0336	-0.7268	-0.3731	0.0575	0.0781	0.064	-0.0246	0.1346	-0.0005	0.2264	4.0866	22.9033	29.368
5	8.8869	-7.4891	-7.2723	41.6747	21.0279	18.6474	0.3008	0.5948	0.7944	-0.2278	-0.0014	-0.5795	-0.4819	-0.541	-0.2994	-0.1617	0.0786	-0.0564	-0.0483	0.1131	-0.0976	-5.4903	17.472	39.9784
6	2.413	-2.2223	-2.263	3.4811	5.7139	19.03	-0.0603	0.0166	0.3189	0.3999	-0.064	0.3637	-0.3746	-1.6918	0.1242	0.0707	0.0311	0.001	0.3164	0.0278	0.2253	-11.6898	18.0614	55.0925
7	1.8441	-0.0952	0.5299	3.3929	0.4307	5.4948	-0.0559	-0.1614	-0.0038	0.1588	0.0667	0.1987	0.2803	-0.3087	-0.0109	0.0295	0.0173	0.0365	0.1725	0.0054	0.0567	-3.467	8.4154	56.5863
8	7.9442	-1.6535	-2.9406	4.8553	3.3608	10.0896	0.0724	-0.2737	0.9201	0.2541	-0.0803	0.4242	-0.784	-0.124	0.0078	0.075	0.0055	-0.0146	0.173	0.0052	0.1698	-1.4649	22.1445	59.3293
9	16.3244	-10.6973	-10.8857	21.2332	13.2086	15.7057	-0.1923	-1.3183	-0.5866	0.4859	0.4476	-0.2751	1.613	-0.022	-0.2553	0.3304	-0.0246	-0.0279	0.0023	0.1242	-0.1894	-1.7156	-10.9566	87.8829
10	28.9855	30.8893	-26.0382	36.1149	-24.2615	27.1938	-0.1072	0.3704	-0.0706	1.3353	-0.2608	-0.9124	0.3819	-0.1516	0.3679	0.5828	0.0606	-0.1164	0.3087	0.0401	0.0424	-0.6842	-16.5034	79.1583
11	2.8021	0.31	-0.5252	0.857	-0.7214	6.794	0.0142	-0.0061	-0.4468	-0.1486	0.0229	0.3029	0.7346	-0.729	-0.0371	0.2815	-0.0503	-0.0218	0.2548	0.0194	0.1834	-4.5552	-6.2068	71.0695
12	5.4638	-1.3658	0.4033	7.102	0.6366	5.0545	0.066	0.237	-0.1373	-0.0435	0.1113	-0.4851	0.6453	0.4231	-0.1772	0.1988	0.0214	0.0087	0.2542	-0.0087	0.0867	9.0275	-4.5815	69.8712
13	5.4432	-8.3407	8.9124	40.1583	-23.0951	19.5025	0.2774	0.7056	-0.4787	-0.3491	-0.3323	-0.5962	1.0583	0.8233	0.055	0.0549	0.1387	0.026	0.1551	-0.1741	-0.1213	25.4743	-5.9262	4.9329
14	3.0822	0.19	-1.349	1.9845	-7.1184	25.6792	0.0178	-0.1224	-0.3892	0.0837	-0.1631	-0.6391	0.8501	1.2	0.1453	0.3057	0.1211	-0.0183	0.2058	-0.0589	0.1974	27.4944	-6.4008	21.1653
15	1.8391	0.3635	-0.7933	2.3263	-0.2113	5.5596	-0.0016	0.1461	0.0778	-0.0157	0.0653	-0.1491	0.119	0.2738	-0.0636	0.1211	0.0413	-0.0134	0.1407	0.0206	0.0886	18.4968	2.8144	19.7924
16	11.7498	4.1866	1.8545	8.7308	6.8994	43.5484	0.4388	-0.3465	-0.8884	0.2619	0.0229	-0.3336	2.3522	-0.1917	-0.4616	0.544	0.0767	-0.1379	-0.0058	0.0458	0.5407	18.888	-15.0911	28.3774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 24	16 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	25 - 59	29 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	60 - 149	64 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	150 - 173	154 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	13 - 24	17 - 28
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	25 - 53	29 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	54 - 149	58 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	150 - 172	154 - 176
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	13 - 23	17 - 27
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	24 - 27	28 - 31
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	28 - 125	32 - 129
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	126 - 172	130 - 176
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	13 - 24	17 - 28
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	25 - 53	29 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	54 - 157	58 - 161
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	158 - 173	162 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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