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- PDB-3dgt: The 1.5 A crystal structure of endo-1,3-beta-glucanase from Strep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dgt
タイトルThe 1.5 A crystal structure of endo-1,3-beta-glucanase from Streptomyces sioyaensis
要素Endo-1,3-beta-glucanase
キーワードHYDROLASE / GHF16 / 1 / 3-beta-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolases family 16 / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. ...: / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolases family 16 / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,3-beta-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sioyaensis (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Li, T.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: The 1.5 A structure of endo-1,3-beta-glucanase from Streptomyces sioyaensis: evolution of the active-site structure for 1,3-beta-glucan-binding specificity and hydrolysis
著者: Hong, T.-Y. / Hsiao, Y.-Y. / Meng, M. / Li, T.T.
履歴
登録2008年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,3-beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4062
ポリマ－29,3821
非ポリマー241
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.509, 75.967, 79.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,3-beta-glucanase


分子量: 29382.033 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 49-321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sioyaensis (バクテリア)
プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: Q9L816, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE GIVEN SEQUENCE AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE. THESE RESIDUES ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE GIVEN SEQUENCE AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE. THESE RESIDUES IDENTIFIED IN THE STRUCTURE DETERMINTION WORK SOULD BE THE CORRECT SEQUENCE OF THE PROTEIN. THE DEPOSITORS ALSO DID THE SEQUENCING OF THE PLASMID AND CONFIRMED THESE RESIDUE SEQUENCES ARE CONSISTENT WITH THE X-RAY STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化温度: 278 K / 手法: microseeding method / pH: 7.5
詳細: 25% PEG MME 2000, 100mM Hepes pH 7.5, 10mM MgCl2, 0.01% NaN3, microseeding method, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: MSC blue-optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 38840 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 10.246 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 3.39 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / Num. unique all: 4632 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 1.016 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19832 1949 5 %RANDOM
Rwork0.18284 ---
obs0.18361 36838 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.559 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 0 1 150 2204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212117
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.9162901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8825277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.26824.62493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.49115274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.983159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.080.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0640.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.51393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81122196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2493849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6424.5705
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 153 -
Rwork0.158 2559 -
obs--95.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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