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万見
- PDB-3dgl: 1.8 A Crystal Structure of a Non-biological Protein with Bound AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dgl
タイトル1.8 A Crystal Structure of a Non-biological Protein with Bound ATP in a Novel Bent Conformation
要素ATP Binding Protein-DX
キーワードDE NOVO PROTEIN / alpha/beta fold / bent ATP / non-biological protein
機能・相同性Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #210 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Simmons, C.R. / Allen, J.P. / Chaput, J.C.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: A synthetic protein selected for ligand binding affinity mediates ATP hydrolysis.
著者: Simmons, C.R. / Stomel, J.M. / McConnell, M.D. / Smith, D.A. / Watkins, J.L. / Allen, J.P. / Chaput, J.C.
履歴
登録2008年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP Binding Protein-DX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5996
ポリマ－9,7081
非ポリマー8915
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.702, 73.702, 54.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ATP Binding Protein-DX


分子量: 9708.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pIADL14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 8.5
詳細: 0.1 M sodium phosphate, 0.25 M sodium citrate, 0.3 M sodium chloride, 23% polyethylene glycol 400, 0.2 M ammonium acetate, pH 8.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 143 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 16220 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 2.334 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.8612.50.44515922.119100
1.86-1.9412.60.34916022.352100
1.94-2.0312.70.26716062.364100
2.03-2.1312.80.17915972.51100
2.13-2.2712.90.14415982.601100
2.27-2.4412.90.11616162.498100
2.44-2.6913.10.09316202.405100
2.69-3.0813.20.06216262.324100
3.08-3.8713.20.04216462.247100
3.87-2512.70.03117171.941100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.57 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 815 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 16214 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.24 Å2 / Biso mean: 24.359 Å2 / Biso min: 11.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数588 0 53 149 790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4232883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.558570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33923.43832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71915112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.424155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.831.5347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5752565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2523308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6724.5317
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 49 -
Rwork0.219 1122 -
all-1171 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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