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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dgj | ||||||
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タイトル | NNFGAIL segment from Islet Amyloid Polypeptide (IAPP or amylin) | ||||||
![]() | NNFGAIL peptide | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / IAPP / amylin / amyloid / steric zipper | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wiltzius, J.J. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structure of the cross-beta spine of islet amyloid polypeptide (amylin). 著者: Wiltzius, J.J. / Sievers, S.A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Popov, D. / Riekel, C. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 8.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 5.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a fiber that can be generated by repeated application of unit cell translations along the b-cell dimension (X,Y+n,Z) where n is any integer. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 747.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% ethylene glycol, no buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20.11 Å / Num. all: 481 / Num. obs: 481 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.747 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 8.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. measured obs: 901 / Num. unique obs: 62 / % possible all: 98.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 12.59 Å2 / Biso mean: 5.491 Å2 / Biso min: 2.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→2.014 Å / Total num. of bins used: 5
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