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- PDB-3dge: Structure of a histidine kinase-response regulator complex reveal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dge
タイトルStructure of a histidine kinase-response regulator complex reveals insights into Two-component signaling and a novel cis-autophosphorylation mechanism
要素
  • Response regulator
  • Sensor protein
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / four-helix bundle / ATP binding domain / receiver domain / Kinase / Phosphoprotein / TRANSFERASE / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain ...Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / : / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CITRIC ACID / Response regulator / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Casino, P. / Marina, A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structural Insight into Partner Specificity and Phosphoryl Transfer in Two-Component Signal Transduction.
著者: Casino, P. / Rubio, V. / Marina, A.
履歴
登録2008年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
C: Response regulator
B: Sensor protein
D: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6929
ポリマ－86,4534
非ポリマー1,2395
水2,918162
1
A: Sensor protein
C: Response regulator
B: Sensor protein
D: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5008
ポリマ－86,4534
非ポリマー1,0474
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10640 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area31950 Å2
手法PISA
2
B: Sensor protein
D: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7504
ポリマ－43,2272
非ポリマー5232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
3
A: Sensor protein
C: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7504
ポリマ－43,2272
非ポリマー5232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.958, 90.668, 68.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-142-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 29378.281 Da / 分子数: 2 / 断片: Cytoplasmic domain, UNP residues 232-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0853 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9WZV7, histidine kinase
#2: タンパク質 Response regulator


分子量: 13848.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0468 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9WYT9

-
非ポリマー , 4種, 167分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.7M ammonium sulfate, 2.5% dioxane, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1610.97935, 0.97950, 0.95298
シンクロトロンESRF ID14-320.931
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2004年1月1日mirror
ADSC QUANTUM 42CCD2004年1月1日Toroidal mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111), 140 x 80 x 20 mmMADMx-ray1
2Diamond (111), Ge(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979351
20.97951
30.952981
40.9311
反射解像度: 2.8→43.64 Å / Num. all: 26588 / Num. obs: 116062 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3875 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
APEXデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.8→43.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 32.729 / SU ML: 0.325 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.363 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1326 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.236 25230 --
obs0.236 116062 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.42 Å2 / Biso mean: 74.876 Å2 / Biso min: 20.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å20 Å2-0.84 Å2
2--3.78 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5712 0 77 162 5951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5562.0037961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5085714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.75125.154260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.017151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3811532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.23007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.23943
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1840.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2091.53680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54425810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37332461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4914.52151
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 96 -
Rwork0.377 1871 -
all-1967 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46620.06990.42140.8465-0.35791.92880.13480.06910.0623-0.04050.08960.07050.0438-0.2615-0.2244-0.1001-0.0006-0.00110.08040.0411-0.070656.49162.72321.708
27.04722.234-1.21992.6363-0.21664.22970.3755-0.3159-0.18410.3567-0.3103-0.04170.5685-0.3433-0.0652-0.0677-0.33510.05750.08250.0066-0.14640.92844.6733.49
33.1055-1.52522.10142.3519-2.58195.82250.29910.43970.3568-0.2843-0.2737-0.1168-0.0852-0.0783-0.0254-0.02970.25160.03150.14480.2019-0.089150.95980.4612.771
44.5223-1.7705-1.57622.30820.69853.0172-0.2951-0.49770.28930.39970.3928-0.1196-0.3417-0.1002-0.0977-0.01810.1832-0.01690.1017-0.0594-0.119655.70777.51842.012
52.8191.86530.6633.00382.12025.1538-0.3720.8354-0.4536-0.29840.6547-0.3480.18020.4028-0.2827-0.1068-0.09440.04990.2421-0.2194-0.036568.1947.7235.028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA245 - 31714 - 86
2X-RAY DIFFRACTION1BC245 - 31714 - 86
3X-RAY DIFFRACTION2AA324 - 48193 - 250
4X-RAY DIFFRACTION3BC324 - 48193 - 250
5X-RAY DIFFRACTION4CB1 - 1221 - 122
6X-RAY DIFFRACTION5DD1 - 1221 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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