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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dfm | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the zinc inhibited form of teicoplanin deacetylase Orf2 | ||||||
![]() | TEICOPLANIN PSEUDOAGLYCONE DEACETYLASE ORF2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / zinc inhibited binuclear zinc cluster / alpha-beta single domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylglucosaminylphosphatidylinositol deacetylase activity / glycoside metabolic process / GPI anchor biosynthetic process / acyltransferase activity / glycosyltransferase activity / ligase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zou, Y. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of lipoglycopeptide antibiotic deacetylases: implications for the biosynthesis of a40926 and teicoplanin. 著者: Zou, Y. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30295.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tcp14 / 参照: UniProt: Q6ZZJ1 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9704 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 16079 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.014→2.066 Å / Total num. of bins used: 20
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