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万見
- PDB-3dfh: crystal structure of putative mandelate racemase / muconate lacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dfh
タイトルcrystal structure of putative mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme from Vibrionales bacterium SWAT-3
要素mandelate racemase
キーワードISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / putative mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-galactonate dehydratase family member VSWAT3_13707
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrionales bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: crystal structure of putative mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme from Vibrionales bacterium SWAT-3
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mandelate racemase
B: mandelate racemase
C: mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,2526
ポリマ－134,1833
非ポリマー693
水6,756375
1
C: mandelate racemase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,00516
ポリマ－357,8218
非ポリマー1848
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area37380 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area85250 Å2
手法PISA
2
A: mandelate racemase
B: mandelate racemase
ヘテロ分子

A: mandelate racemase
B: mandelate racemase
ヘテロ分子

A: mandelate racemase
B: mandelate racemase
ヘテロ分子

A: mandelate racemase
B: mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,00516
ポリマ－357,8218
非ポリマー1848
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area37350 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area85210 Å2
手法PISA
3
A: mandelate racemase
ヘテロ分子

B: mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5014
ポリマ－89,4552
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
4
C: mandelate racemase
ヘテロ分子

C: mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5014
ポリマ－89,4552
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3610 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
5
A: mandelate racemase
B: mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5014
ポリマ－89,4552
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
6
C: mandelate racemase
ヘテロ分子

C: mandelate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5014
ポリマ－89,4552
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
Buried area2730 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.836, 121.836, 319.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

NA

21B-503-

NA

31C-501-

NA

41A-541-

HOH

51B-659-

HOH

61B-665-

HOH

71C-626-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 mandelate racemase


分子量: 44727.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrionales bacterium (バクテリア)
株: SWAT-3 / 遺伝子: VSWAT3_13707 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A5KUH4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 35% MPD, 0.2 M lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 8.5 / 数: 919884 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.38 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 116723 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.745099.910.0391.9118
3.764.7410010.0551.9767.7
3.293.7610010.0852.4247.8
2.993.2910010.1061.567.9
2.772.9910010.1411.1088
2.612.7710010.191.0118
2.482.6110010.2680.9687.9
2.372.4810010.3630.9677.9
2.282.3710010.4630.9477.8
2.22.2810010.6250.9367.8
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 116723 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.38 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.287.80.625116520.9361100
2.28-2.377.80.463116950.9471100
2.37-2.487.90.363116960.9671100
2.48-2.617.90.268116510.9681100
2.61-2.7780.19116601.0111100
2.77-2.9980.141116811.1081100
2.99-3.297.90.106116601.561100
3.29-3.767.80.085116502.4241100
3.76-4.747.70.055116821.9761100
4.74-5080.039116961.911199.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→41.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.834 / SU B: 12.279 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3113 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.176 61155 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.92 Å2 / Biso mean: 25.051 Å2 / Biso min: 2.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8571 0 3 375 8949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0228791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.93711939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48451073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05624.839436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.023151466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4131539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2133.55361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.12508673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.341503430
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5164.53265
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 218 -
Rwork0.19 4252 -
all-4470 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65470.4545-0.11211.1531-0.12840.7088-0.01690.113-0.1674-0.04370.1156-0.08750.15440.06-0.0986-0.02940.0243-0.0506-0.0561-0.0467-0.053355.310928.881693.2122
20.75890.4652-0.0490.8453-0.00120.56010.0467-0.03670.04450.11470.07180.1726-0.0133-0.1375-0.1185-0.0530.01360.0399-0.02340.0971-0.046733.252343.8737118.7377
31.05650.11510.14050.5589-0.16010.85-0.07950.0770.1116-0.0313-0.0921-0.1462-0.12490.17570.1716-0.0819-0.0516-0.0028-0.03580.13290.012529.66313.2679146.921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 380
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 380
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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