PDB-3dew: The structure of a putative TetR family transcriptional regulator...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dew

タイトル

The structure of a putative TetR family transcriptional regulator from Geobacter sulfurreducens PCA.

要素

Transcriptional regulator, TetR family

キーワード

transcription regulator / TetR / transcriptional regulator / Geobacter sulfurreducens / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter sulfurreducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative TetR family transcriptional regulator from Geobacter sulfurreducens PCA.
著者: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3dew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3dew	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3zm9-1 5fut-d 4cga-d 4cg8-d 4w4v-d 3zm9-2 4cg9-d 3lq3-d 2i7q-d 1dnl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc88507

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, TetR family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.106, 63.106, 76.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-276- HOH

詳細

authors state that the biological assembly is likely dimer

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, TetR family 分子量: 22780.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア) 株: PCA / 遺伝子: GSU0175 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q74GS0

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na Acetate pH4.6, 4% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915,0.97937

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	0.97937	1

反射

解像度: 1.75→44.5 Å / Num. obs: 18099 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.483 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.462 / FOM acentric: 0.483 / FOM centric: 0.298 / 反射: 18099 / Reflection acentric: 16078 / Reflection centric: 2021

Phasing MAD set

最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.72	1	0.1	0.1	0	0	16078	2021
2	0.88	0.8	5.7	8.3	0.8	0.66	12542	1704

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	11.25-50	1.5	1	0.6	0.4	0	0	42	37
1	6.34-11.25	1.48	1	0.6	0.4	0	0	237	92
1	4.41-6.34	1.32	1	0.4	0.3	0	0	636	154
1	3.38-4.41	1.07	1	0.3	0.3	0	0	1195	216
1	2.74-3.38	1.55	1	0.2	0.1	0	0	1926	274
1	2.31-2.74	1.85	1	0.1	0.1	0	0	2864	349
1	1.99-2.31	3.57	1	0.1	0	0	0	3971	423
1	1.75-1.99	9.87	1	0	0	0	0	5207	476
2	11.25-50	0.57	0.82	12.2	18.7	2.07	0.92	42	37
2	6.34-11.25	0.62	0.56	8.6	13.4	2.01	1.36	237	92
2	4.41-6.34	0.7	0.63	7.3	8.4	1.72	1.24	636	154
2	3.38-4.41	0.82	0.72	7.4	9.3	1.16	0.85	1195	215
2	2.74-3.38	0.86	0.85	6.1	7.9	0.97	0.68	1926	274
2	2.31-2.74	0.9	0.87	4.7	6.8	0.8	0.48	2864	349
2	1.99-2.31	0.97	0.96	5.2	7.4	0.45	0.3	3953	421
2	1.75-1.99	0.99	1	5.9	8.1	0.28	0.18	1689	162

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	36.27165	-0.187	-0.05	-0.157	0
2	Se	20.27432	-0.251	0.043	-0.323	0
3	Se	27.79353	-0.158	0.166	-0.412	0
4	Se	98.9109	-0.229	0.167	0.036	0
5	Se	27.78613	-0.029	0.055	-0.351	0
6	Se	120.85499	-0.45	-0.095	0.038	0
7	Se	25.18532	-0.123	0.161	-0.393	0
8	Se	43.06	-0.482	-0.101	0.01	0
9	Se	39.1768	-0.191	-0.054	-0.157	-0.129
10	Se	20.98783	-0.251	0.044	-0.323	-0.123
11	Se	27.89173	-0.158	0.166	-0.412	-0.106
12	Se	122.24792	-0.227	0.168	0.035	-0.167
13	Se	23.47188	-0.027	0.056	-0.351	-0.069
14	Se	136.77164	-0.442	-0.097	0.039	-0.159
15	Se	22.45054	-0.124	0.16	-0.393	-0.042
16	Se	36.58893	-0.482	-0.1	0.008	-0.049

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
11.25-50	0.695	0.898	0.463	79	42	37
6.34-11.25	0.804	0.857	0.669	329	237	92
4.41-6.34	0.8	0.85	0.597	790	636	154
3.38-4.41	0.728	0.77	0.492	1411	1195	216
2.74-3.38	0.694	0.733	0.418	2200	1926	274
2.31-2.74	0.625	0.66	0.338	3213	2864	349
1.99-2.31	0.423	0.448	0.183	4394	3971	423
1.75-1.99	0.175	0.189	0.031	5683	5207	476

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 18099

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.93-100	42.1	0.879	501
4.68-5.93	33.9	0.933	505
4.07-4.68	39.9	0.919	507
3.68-4.07	39.4	0.933	509
3.41-3.68	42.9	0.917	513
3.2-3.41	43.2	0.895	505
3.04-3.2	40.3	0.919	525
2.89-3.04	44.7	0.909	551
2.77-2.89	42	0.919	579
2.66-2.77	38	0.919	606
2.56-2.66	41	0.92	620
2.47-2.56	43	0.917	651
2.39-2.47	46	0.897	663
2.32-2.39	43.8	0.914	687
2.25-2.32	47.5	0.901	700
2.19-2.25	50.5	0.892	725
2.13-2.19	54.6	0.89	763
2.08-2.13	57.1	0.898	762
2.03-2.08	58.6	0.872	760
1.99-2.03	58.7	0.868	806
1.95-1.99	67.5	0.876	822
1.91-1.95	65.6	0.862	814
1.87-1.91	74.1	0.811	854
1.83-1.87	80.6	0.846	867
1.8-1.83	78.3	0.818	868
1.75-1.8	78.9	0.808	1436

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→44.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.961 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.123
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	926	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
all	0.173	18099	-	-
obs	0.173	18099	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0.22 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1477	0	21	162	1660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.961	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.846	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.301	22.692	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.456	15	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.063	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.277	1.5	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.538	2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.92	3	686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.285	4.5	598

LS精密化シェル

解像度: 1.751→1.797 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	69	-
R_work	0.19	1249	-
all	-	1318	-
obs	-	-	99.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.295	2.5276	0.6813	1.9158	-0.7717	6.2632	0.5272	-0.7146	-0.4389	0.311	-0.361	-0.4724	-0.0642	0.4294	-0.1662	0.137	-0.1097	-0.0817	0.1654	0.0754	0.1472	-23.9856	39.3277	-1.4577
2	1.7087	4.9389	0.0196	14.3322	0.2801	0.8847	-0.0157	0.1035	-0.2748	0.0712	-0.1788	-1.0581	0.195	0.2731	0.1945	0.0011	-0.0005	-0.0174	0.0965	0.0588	0.1581	-32.0346	22.0731	-7.0941
3	2.2132	1.69	2.7058	5.1297	3.8077	5.8027	-0.1761	-0.0148	0.0025	0.0649	0.0154	-0.1497	0.3296	0.2234	0.1607	0.1523	0.0407	0.0489	0.0545	0.0051	0.0382	-40.5797	11.1011	-0.7972
4	0.9454	1.1984	0.1553	5.0594	0.6372	0.9899	-0.0114	0.0781	-0.0676	0.1522	-0.1435	-0.0691	0.1564	0.0463	0.1548	0.0543	-0.0095	0.0241	0.0884	-0.0099	0.0381	-44.2891	19.5183	-9.1245
5	1.2227	0.6232	0.9661	4.7022	5.1046	8.883	-0.0596	0.0866	-0.1175	0.163	-0.159	0.1772	0.3319	-0.3284	0.2186	0.1156	-0.0328	0.0529	0.0829	-0.0098	0.1035	-51.1259	17.4668	-1.6285
6	2.7122	-0.2533	-0.5877	0.9877	1.7393	4.5024	-0.2384	-0.0947	-0.3294	0.3405	0.0637	-0.0069	0.6114	0.2128	0.1747	0.2498	0.0323	0.0884	0.0284	0.0436	0.0925	-49.5419	11.085	8.781

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	97 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	143 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	169 - 196

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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