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- PDB-3det: Structure of the E148A, Y445A doubly ungated mutant of E.coli CLC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3det
タイトルStructure of the E148A, Y445A doubly ungated mutant of E.coli CLC_Ec1, Cl-/H+ antiporter
要素
  • Fab fragment, Heavy chain
  • Fab fragment, Light chain
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CLC_Ec1 / antiporter / exchange-transporter / doubly ungated mutant / Chloride / Inner membrane / Ion transport / Membrane / Stress response / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jayaram, H. / Accardi, A. / Wu, F. / Williams, C. / Miller, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Ion permeation through a Cl--selective channel designed from a CLC Cl-/H+ exchanger
著者: Jayaram, H. / Accardi, A. / Wu, F. / Williams, C. / Miller, C.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32014年3月12日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
C: Fab fragment, Heavy chain
D: Fab fragment, Light chain
E: Fab fragment, Heavy chain
F: Fab fragment, Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,0456
ポリマ－194,0456
非ポリマー00
水00
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4812
ポリマ－100,4812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-44.8 kcal/mol
Surface area30770 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)231.167, 97.514, 173.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA / ClC-ec1


分子量: 50240.273 Da / 分子数: 2 / 変異: E148A, Y445A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ / プラスミド: pASK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab fragment, Heavy chain


分子量: 23693.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment, Light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 300 mM KCl, 26.6% PEG 600, 50 mM Na-cacodylate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 178 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→86 Å / Num. all: 69549 / Num. obs: 60533 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 10078 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0073精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OTS

1ots


解像度: 2.8→59.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 20.381 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT- 1OTS structure factor file / σ(F): 0 / ESU R: 0.977 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29885 3193 5 %1OTS structure factor file
Rwork0.25478 ---
all0.25698 69549 --
obs0.25698 60533 91.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.565 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→59.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13201 0 0 0 13201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02213527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.731.96118420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40851743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41122.968475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.138152139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6551567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7781.58655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.466213904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6934872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9254.54516
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 188 -
Rwork0.472 3616 -
obs--74.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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