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- PDB-3des: Crystal structure of dipeptide epimerase from Thermotoga maritima... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3des
タイトルCrystal structure of dipeptide epimerase from Thermotoga maritima complexed with L-Ala-L-Phe dipeptide
要素Muconate cycloisomerase
キーワードISOMERASE / dipeptide epimerase / Thermotoga maritima / enzymatic function
機能・相同性
機能・相同性情報


L-Ala-D/L-Glu epimerase / L-Ala-D/L-Glu epimerase activity / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain ...: / Dipeptide epimerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / PHENYLALANINE / L-Ala-D/L-Glu epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Discovery of a dipeptide epimerase enzymatic function guided by homology modeling and virtual screening.
著者: Kalyanaraman, C. / Imker, H.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Glasner, M.E. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muconate cycloisomerase
B: Muconate cycloisomerase
C: Muconate cycloisomerase
D: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,98316
ポリマ－154,8694
非ポリマー1,11412
水8,035446
1
A: Muconate cycloisomerase
B: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9928
ポリマ－77,4352
非ポリマー5576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
2
C: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子

D: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9928
ポリマ－77,4352
非ポリマー5576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area2540 Å2
ΔGint-9.7 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
3
A: Muconate cycloisomerase
B: Muconate cycloisomerase
C: Muconate cycloisomerase
D: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子

A: Muconate cycloisomerase
B: Muconate cycloisomerase
C: Muconate cycloisomerase
D: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,96732
ポリマ－309,7388
非ポリマー2,22924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area25060 Å2
ΔGint-63.9 kcal/mol
Surface area87360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.672, 191.672, 283.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質
Muconate cycloisomerase


分子量: 38717.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXM1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 詳細: Synthetic dipeptide
#3: 化合物
ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 化合物
ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 3.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. all: 135031 / Num. obs: 135031 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DER

3der


解像度: 2.3→24.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2733533.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 6787 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.213 135031 --
obs0.213 135031 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.9729 Å2 / ksol: 0.369405 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.95 Å27.11 Å20 Å2
2--7.95 Å20 Å2
3----15.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10816 0 4 446 11266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 667 5.1 %
Rwork0.263 12505 -
obs--98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4&_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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