[日本語] English
万見
- PDB-3deo: Structural basis for specific substrate recognition by the chloro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3deo
タイトルStructural basis for specific substrate recognition by the chloroplast signal recognition particle protein cpSRP43
要素Signal recognition particle 43 kDa protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / Chloroplast SRP system / Signal recognition particle / signal sequence / ankyrin repeat / chromodomain / type I turn / substrate protein recognition / L18 region / LHCP / ANK repeat / Chloroplast / Coiled coil / Plastid / Ribonucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity ...protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle 43kDa protein / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Ankyrin repeat-containing domain / Chromo-like domain superfamily ...Signal recognition particle 43kDa protein / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Ankyrin repeat-containing domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha Horseshoe / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stengel, K.F. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Structural basis for specific substrate recognition by the chloroplast signal recognition particle protein cpSRP43.
著者: Stengel, K.F. / Holdermann, I. / Cain, P. / Robinson, C. / Wild, K. / Sinning, I.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle 43 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0672
ポリマ－20,0431
非ポリマー241
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.146, 52.794, 62.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle 43 kDa protein / Chromo protein SRP43 / CpSRP43


分子量: 20042.545 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 85-267 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CAO, At2g47450, T30B22.25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22265
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. all: 27821 / Num. obs: 27737 / % possible obs: 0.99 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3951 / % possible all: 0.99

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NOR

1nor


解像度: 1.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.46 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1394 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.171 27735 99.43 %-
all-27821 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.598 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 1 229 1712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9672079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1945205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60424.7374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.21215261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1851512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5531.5994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19721541
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0953609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2734.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.91531603
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.3343230
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.84831484
LS精密化 シェル最高解像度: 1.5 Å / Num. reflection Rwork: 1887 / Num. reflection all: 1982 / Total num. of bins used: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る