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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3de8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Dimeric Cytochrome cb562 Assembly Induced by Copper Coordination | ||||||
要素 | Soluble cytochrome b562 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Cu-stabilized dimeric superstructure / Electron transport / Heme / Iron / Metal-binding / Periplasm / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Salgado, E.N. / Lewis, R.A. / Rheingold, A.L. / Tezcan, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2009 タイトル: Control of protein oligomerization symmetry by metal coordination: C2 and C3 symmetrical assemblies through Cu(II) and Ni(II) coordination. 著者: Salgado, E.N. / Lewis, R.A. / Mossin, S. / Rheingold, A.L. / Tezcan, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3de8.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3de8.ent.gz | 85.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3de8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3de8_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3de8_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3de8_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3de8_validation.cif.gz | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3de8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3de8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11726.153 Da / 分子数: 4 / 変異: K59H, D73H, K77H, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7 #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-HEM / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Hepes, 25% PEG 3350, 200 mM CaCl2, 17.8 mM CuSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.008 Å |
検出器 | タイプ: ADSC Quantum 325 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月23日 |
放射 | モノクロメーター: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.008 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 42391 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.075 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→32.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.316 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.014 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→32.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
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