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- PDB-3ddt: Crystal structure of the B2 box from MuRF1 in dimeric state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ddt
タイトルCrystal structure of the B2 box from MuRF1 in dimeric state
要素E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
キーワードLIGASE / zinc-binding motif / RING-like fold / Coiled coil / Cytoplasm / Metal-binding / Muscle protein / Nucleus / Polymorphism / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of glycolytic process / M band / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / titin binding / response to interleukin-1 / muscle contraction / response to glucocorticoid ...response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of glycolytic process / M band / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / titin binding / response to interleukin-1 / muscle contraction / response to glucocorticoid / RING-type E3 ubiquitin transferase / Z disc / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / microtubule / protein ubiquitination / innate immune response / signal transduction / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63, RING finger, HC subclass / COS domain / COS domain profile. / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Classic Zinc Finger / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63, RING finger, HC subclass / COS domain / COS domain profile. / : / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Classic Zinc Finger / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mayans, O. / Mrosek, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of B-Box 2 from MuRF1: identification of a novel self-association pattern in a RING-like fold
著者: Mrosek, M. / Meier, S. / Ucurum-Fotiadis, Z. / von Castelmur, E. / Hedbom, E. / Lustig, A. / Grzesiek, S. / Labeit, D. / Labeit, S. / Mayans, O.
履歴
登録2008年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2249
ポリマ－15,8323
非ポリマー3926
水2,846158
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8166
ポリマ－10,5542
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6280 Å2
手法PISA
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
ヘテロ分子

C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8166
ポリマ－10,5542
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area900 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area5780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.220, 76.220, 146.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-71-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase TRIM63 / Tripartite motif-containing protein 63 / Muscle-specific RING finger protein 1 / MuRF1 / MURF-1 / ...Tripartite motif-containing protein 63 / Muscle-specific RING finger protein 1 / MuRF1 / MURF-1 / RING finger protein 28 / Striated muscle RING zinc finger protein / Iris RING finger protein


分子量: 5277.209 Da / 分子数: 3 / 断片: B2-box / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q969Q1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA10.992
シンクロトロンESRF ID23-121.254743, 1.28332, 1.215686
検出器
タイプID検出器
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9921
21.2547431
31.283321
41.2156861
反射解像度: 1.9→18 Å / Num. obs: 20520 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 28.35 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 2802 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→17.694 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: Rfree / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 853 4.16 %XDSCONV
Rwork0.199 19667 --
obs0.201 20520 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.298 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 15.59 Å2 / Biso mean: 35.01 Å2 / Biso min: 74.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.959 Å20 Å2-0 Å2
2--0.959 Å20 Å2
3----1.917 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 0 6 158 1215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3581441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.887401
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-2.0190.261490.23331863335100
2.019-2.1750.31390.22132183357100
2.175-2.3930.2641730.2231933366100
2.393-2.7380.241330.2173270340399.97
2.738-3.4450.2681320.20433243456100
3.445-17.6950.2271270.1763476360398.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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