[日本語] English
万見
- PDB-3ddr: Structure of the Serratia marcescens hemophore receptor HasR-Ile6... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ddr
タイトルStructure of the Serratia marcescens hemophore receptor HasR-Ile671Gly mutant in complex with its hemophore HasA and heme
要素
  • HasR protein
  • Hemophore HasA
キーワードMEMBRANE PROTEIN/HEME BINDING PROTEIN / outer membrane protein / beta-barrel / hemophore receptor / Membrane / Outer membrane / TonB box / Heme / Iron / Metal-binding / Secreted / MEMBRANE PROTEIN-HEME BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Secretin and TonB N terminus short domain / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain ...TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Secretin and TonB N terminus short domain / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemophore HasA / HasR protein
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference fourier / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Krieg, S. / Diederichs, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Heme uptake across the outer membrane as revealed by crystal structures of the receptor-hemophore complex.
著者: Krieg, S. / Huche, F. / Diederichs, K. / Izadi-Pruneyre, N. / Lecroisey, A. / Wandersman, C. / Delepelaire, P. / Welte, W.
履歴
登録2008年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32012年3月21日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HasR protein
B: HasR protein
C: Hemophore HasA
D: Hemophore HasA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,67514
ポリマ－232,8444
非ポリマー1,83210
水23413
1
A: HasR protein
C: Hemophore HasA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1535
ポリマ－116,4222
非ポリマー7323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area35560 Å2
手法PISA
2
B: HasR protein
D: Hemophore HasA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5229
ポリマ－116,4222
非ポリマー1,1007
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area35610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.410, 162.720, 597.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-873-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 113:865 )
21chain B and (resseq 113:865 )
12chain C and (resseq 2:28 or resseq 42:173 )
22chain D and (resseq 2:28 or resseq 42:173 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNPHEPHEAA113 - 865113 - 865
211ASNASNPHEPHEBB113 - 865113 - 865
112ALAALAGLYGLYCC2 - 2820 - 46
122SERSERTHRTHRCC42 - 17360 - 191
212ALAALAGLYGLYDD2 - 2820 - 46
222SERSERTHRTHRDD42 - 17360 - 191

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 HasR protein


分子量: 94898.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48 to 899 / 変異: I671G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasR / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 / 参照: UniProt: Q79AD2
#2: タンパク質 Hemophore HasA / Heme acquisition system protein A


分子量: 21523.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasA / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q54450

-
非ポリマー , 4種, 23分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THERE IS AN ERROR IN THE DATABASE SEQUENCE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.26 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8
詳細: 2 M NaCl, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0162
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月5日
放射モノクロメーター: Si(111)monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.4 Å / Num. all: 92482 / Num. obs: 92482 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.66 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 14.03
反射 シェル解像度: 2.8→2.96 Å / 冗長度: 5.55 % / Rmerge(I) obs: 0.1977 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: Difference fourier / 解像度: 2.8→39.25 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 4636 5.01 %
Rwork0.226 --
obs0.227 92482 98.1 %
all-92482 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.22 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 104.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.653 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14122 0 124 13 14259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07819838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4835080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772076
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042626
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.83 Å / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.483 111 -
Rwork0.466 2123 -
obs--71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2879-0.1806-0.25990.32020.02050.5367-0.16560.0224-0.03120.10830.0519-0.04140.0533-0.67780.07730.3634-0.49760.01291.2801-0.03810.060949.296855.9919237.5332
20.6537-0.1925-0.4750.20840.2537-0.26460.15280.02360.1130.1106-0.17480.0178-0.23810.66480.02140.3367-0.40010.07151.3436-0.08130.12794.51469.2239210.8499
30.3123-0.4039-0.14811.3853-0.862-0.0837-0.0463-0.3438-0.00970.5070.2280.3063-0.3806-0.4108-0.23360.4058-0.4466-0.12331.3811-0.0897-0.021549.410176.5193247.0173
40.06810.0250.67820.4703-0.47480.9630.14210.12530.01780.0339-0.07870.09620.02881.757-0.07510.5232-0.51920.07042.2652-0.09860.2199114.76688.2433200.8328
50.4657-0.25320.27191.246-0.40410.398-0.1845-0.27850.11720.58450.0413-0.1621-0.1892-0.00530.00280.0725-0.40640.00481.1138-0.01950.049262.183960.5655246.1301
60.9476-0.60850.62670.4620.05420.23410.24490.69240.1767-0.189-0.186-0.0984-0.57450.2759-0.02650.482-0.48760.10061.1542-0.00820.097799.512621.8194202.0639
70.2883-0.41462.16540.8225-0.0905-3.5078-0.04960.0331-0.01280.58560.00090.02730.2713-0.45470.03981.206-0.3520.01081.68540.06760.135754.631859.578287.1645
8-0.0062-0.0693-0.31210.1636-0.58410.63490.1311-0.0335-0.0757-0.0357-0.08250.0154-0.1908-0.2159-0.06190.8827-0.1081-0.03692.33420.05680.338496.965113.9544161.1411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A113 - 418
2X-RAY DIFFRACTION2B113 - 418
3X-RAY DIFFRACTION3A419 - 607
4X-RAY DIFFRACTION4B419 - 607
5X-RAY DIFFRACTION5A608 - 865
6X-RAY DIFFRACTION6B608 - 865
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 200
8X-RAY DIFFRACTION8D1 - 200

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る