PDB-3dcy: Crystal Structure a TP53-induced glycolysis and apoptosis regulat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dcy

タイトル

Crystal Structure a TP53-induced glycolysis and apoptosis regulator protein from Homo sapiens.

要素

REGULATOR PROTEIN

キーワード

apoptosis regulator / OMIM 610775 / C12orf5 / TIGAR / TP53-induced glycolysis and apoptosis regulator / CASP Target / Structural Genomics Medical Relevance / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Isomerase / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / regulation of response to DNA damage checkpoint signaling / regulation of pentose-phosphate shunt / intracellular anatomical structure / : / cellular response to cobalt ion / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / positive regulation of hexokinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.748 Å

データ登録者

McCoy, J.G. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure a TP53-induced glycolysis and apoptosis regulator protein from Homo sapiens.
著者: McCoy, J.G. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2008年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dcy.cif.gz	68.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dcy.ent.gz	52.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	3dcy_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	3dcy_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	3dcy_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dcy	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5nib-d 3po9-2 6w9i-d 5k3m-2 2i4h-d 2i3r-2 5vjw-d 6e3g-2 3qcb-2 4xt9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.40566

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: REGULATOR PROTEIN

ヘテロ分子

31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.983, 76.408, 79.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	REGULATOR PROTEIN 分子量: 31145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C12orf5 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9NQ88
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS STRUCTURE WAS SUBMITTED AS CASP8 ID T0394.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML SEMET PROTEIN, 0.050 M NACL, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH WELL SOLUTION (20% PEG 3350, 0.10 M MES PH 6.0) CRYOPROTECTED WITH 20% ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML SEMET PROTEIN, 0.050 M NACL, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH WELL SOLUTION (20% PEG 3350, 0.10 M MES PH 6.0) CRYOPROTECTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 297K

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %

結晶化

温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML SEMET PROTEIN, 0.050 M NACL, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH WELL SOLUTION (20% PEG 3350, 0.10 M MES PH 6.0) CRYOPROTECTED WITH 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromater
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.748→50 Å / Num. obs: 25927 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 2.108 / Net I/σ(I): 16.223

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.75-1.81	9.7	0.54	2.369	2514	0.946	98.4
1.81-1.89	13	0.44		2533	0.975	99.8
1.89-1.97	14.3	0.318		2565	1.123	100
1.97-2.07	14.6	0.247		2556	1.157	100
2.07-2.2	14.6	0.188		2555	1.308	100
2.2-2.38	14.7	0.156		2570	1.451	100
2.38-2.61	14.6	0.132		2605	1.645	100
2.61-2.99	14.6	0.109		2610	2.31	100
2.99-3.77	14.5	0.083		2638	2.663	100
3.77-50	13.8	0.068		2781	6.786	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 36.43 Å / Power centric: 0

ID	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	22729	3113
ANO_1	0.44	3.003	22626	0

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	7.66-36.43	0	0	215	150
ISO_1	5.48-7.66	0	0	423	154
ISO_1	4.49-5.48	0	0	569	155
ISO_1	3.9-4.49	0	0	695	162
ISO_1	3.49-3.9	0	0	788	149
ISO_1	3.19-3.49	0	0	869	154
ISO_1	2.95-3.19	0	0	962	159
ISO_1	2.76-2.95	0	0	1051	158
ISO_1	2.61-2.76	0	0	1103	161
ISO_1	2.47-2.61	0	0	1182	160
ISO_1	2.36-2.47	0	0	1236	156
ISO_1	2.26-2.36	0	0	1307	156
ISO_1	2.17-2.26	0	0	1360	155
ISO_1	2.09-2.17	0	0	1423	160
ISO_1	2.02-2.09	0	0	1470	162
ISO_1	1.96-2.02	0	0	1506	154
ISO_1	1.9-1.96	0	0	1584	159
ISO_1	1.84-1.9	0	0	1633	160
ISO_1	1.8-1.84	0	0	1673	149
ISO_1	1.75-1.8	0	0	1680	140
ANO_1	7.66-36.43	0.157	8.841	215	0
ANO_1	5.48-7.66	0.159	9.123	423	0
ANO_1	4.49-5.48	0.173	8.153	569	0
ANO_1	3.9-4.49	0.199	7.017	695	0
ANO_1	3.49-3.9	0.252	5.686	788	0
ANO_1	3.19-3.49	0.269	5.401	869	0
ANO_1	2.95-3.19	0.263	5.359	962	0
ANO_1	2.76-2.95	0.281	5.064	1051	0
ANO_1	2.61-2.76	0.31	4.563	1103	0
ANO_1	2.47-2.61	0.359	3.795	1182	0
ANO_1	2.36-2.47	0.377	3.519	1236	0
ANO_1	2.26-2.36	0.434	2.937	1307	0
ANO_1	2.17-2.26	0.473	2.667	1360	0
ANO_1	2.09-2.17	0.529	2.367	1423	0
ANO_1	2.02-2.09	0.586	1.994	1470	0
ANO_1	1.96-2.02	0.637	1.726	1506	0
ANO_1	1.9-1.96	0.691	1.551	1584	0
ANO_1	1.84-1.9	0.766	1.365	1633	0
ANO_1	1.8-1.84	0.843	1.159	1662	0
ANO_1	1.75-1.8	0.907	1.019	1588	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-9.508	-43.389	-30.512	SE	18.06	2.79
2	-3.922	-37.232	-39.334	SE	15.19	2.34
3	-4.411	-61.117	-8.823	SE	18.89	2.36
4	-3.863	-48.1	-39.159	SE	23.82	2.26
5	-1.071	-3.339	-44.033	SE	19.18	2.12
6	-6.683	-46.528	-24.71	SE	31.83	1.97
7	-4.386	-0.724	-75.575	SE	25.62	1.59
8	-10.437	-16.046	-49.611	SE	26.62	1.48
9	-28.627	-45.478	-7.317	SE	22.26	0.42

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 25842

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.81-100	67	0.713	503
5.35-6.81	59.8	0.818	509
4.64-5.35	54.4	0.88	508
4.17-4.64	54.9	0.886	544
3.82-4.17	56.8	0.898	599
3.54-3.82	58.5	0.888	653
3.32-3.54	56.4	0.886	687
3.13-3.32	58.6	0.88	727
2.97-3.13	60	0.871	763
2.84-2.97	56.7	0.901	808
2.72-2.84	53.3	0.882	824
2.61-2.72	57.1	0.904	874
2.52-2.61	55.1	0.886	919
2.43-2.52	53.8	0.896	919
2.36-2.43	56.1	0.899	958
2.29-2.36	53.2	0.898	973
2.22-2.29	54.9	0.91	1044
2.17-2.22	55	0.905	1028
2.11-2.17	56.5	0.883	1086
2.06-2.11	58.5	0.897	1086
2.01-2.06	59.3	0.884	1126
1.97-2.01	58.8	0.889	1137
1.93-1.97	60	0.885	1163
1.89-1.93	63.2	0.885	1216
1.85-1.89	67.9	0.859	1189
1.82-1.85	71.5	0.852	1256
1.79-1.82	71.9	0.819	1234
1.75-1.79	74.6	0.775	1509

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.748→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 2.29 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Additional Fo-Fc density surrounding the loop containing residues 226-230 suggested some structural ambiguity in this region.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	1313	5.075 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	25870	99.511 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.653 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.357 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.748→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2007	0	5	266	2278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.977	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.979	5	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.426	23.804	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.257	15	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.907	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.118	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.079	1.5	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.696	2	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.686	3	825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.022	4.5	716

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.748-1.793	0.388	94	0.253	1673	1881	93.939
1.793-1.842	0.248	99	0.228	1739	1846	99.567
1.842-1.896	0.277	104	0.196	1683	1788	99.944
1.896-1.954	0.248	90	0.18	1662	1752	100
1.954-2.018	0.229	73	0.177	1597	1671	99.94
2.018-2.089	0.213	83	0.185	1556	1640	99.939
2.089-2.167	0.225	91	0.172	1505	1596	100
2.167-2.256	0.246	70	0.175	1453	1523	100
2.256-2.356	0.207	61	0.172	1406	1467	100
2.356-2.471	0.216	73	0.176	1326	1399	100
2.471-2.604	0.2	84	0.186	1260	1344	100
2.604-2.761	0.245	73	0.183	1196	1269	100
2.761-2.952	0.244	55	0.186	1159	1214	100
2.952-3.187	0.248	64	0.19	1059	1123	100
3.187-3.49	0.187	43	0.165	981	1024	100
3.49-3.9	0.227	49	0.15	895	944	100
3.9-4.5	0.147	35	0.146	821	856	100
4.5-5.502	0.201	30	0.175	693	723	100
5.502-7.743	0.272	29	0.234	550	579	100
7.743-55.132	0.329	13	0.2	343	358	99.441

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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