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- PDB-3dbr: Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dbr
タイトルStructural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Gln-NEDD8Ala72Arg)
要素
  • NEDD8
  • NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
  • NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
キーワードCELL CYCLE / activating enzyme / Apoptosis / Membrane / Ubl conjugation pathway / ATP-binding / Ligase / Nucleotide-binding / Polymorphism / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / NEDD8 transferase activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis ...E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / NEDD8 transferase activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / regulation of neuron apoptotic process / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / modification-dependent protein catabolic process / protein modification process / protein tag activity / UCH proteinases / intracellular protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / neuron apoptotic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / postsynapse / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit APP-BP1 / E2 binding / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / E2 binding domain / E2_bind / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Nedd8-like ubiquitin / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site ...NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit / NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit APP-BP1 / E2 binding / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / E2 binding domain / E2_bind / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Nedd8-like ubiquitin / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit / Ubiquitin-like protein NEDD8 / NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Souphron, J. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural dissection of a gating mechanism preventing misactivation of ubiquitin by NEDD8's E1.
著者: Souphron, J. / Waddell, M.B. / Paydar, A. / Tokgoz-Gromley, Z. / Roussel, M.F. / Schulman, B.A.
履歴
登録2008年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
B: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
I: NEDD8
C: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
D: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
J: NEDD8
E: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
F: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
K: NEDD8
G: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
H: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
L: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,99616
ポリマ－473,73512
非ポリマー2624
水00
1
E: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
F: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
K: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4994
ポリマ－118,4343
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10380 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area42050 Å2
手法PISA
2
G: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
H: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
L: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4994
ポリマ－118,4343
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area41160 Å2
手法PISA
3
C: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
D: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
J: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4994
ポリマ－118,4343
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area41380 Å2
手法PISA
4
A: NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
B: NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
I: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4994
ポリマ－118,4343
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10370 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area42290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.322, 198.531, 208.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit / Amyloid protein-binding protein 1 / Amyloid beta protein-binding protein 1 / 59 kDa / APP-BP1 / ...Amyloid protein-binding protein 1 / Amyloid beta protein-binding protein 1 / 59 kDa / APP-BP1 / Proto-oncogene protein 1


分子量: 59973.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAE1, APPBP1 / プラスミド: pABLO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold (DE3) / 参照: UniProt: Q13564
#2: タンパク質
NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit / Ubiquitin- like modifier-activating enzyme 3 / Ubiquitin-activating enzyme 3 / NEDD8-activating ...Ubiquitin- like modifier-activating enzyme 3 / Ubiquitin-activating enzyme 3 / NEDD8-activating enzyme E1C / Ubiquitin-activating enzyme E1C


分子量: 48738.684 Da / 分子数: 4 / Fragment: unp residues 33-463 / Mutation: R190Q, C216A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA3, UBE1C / プラスミド: pABLO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold (DE3)
参照: UniProt: Q8TBC4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: タンパク質
NEDD8 / Ubiquitin-like protein Nedd8 / Neddylin


分子量: 9721.208 Da / 分子数: 4 / Mutation: A172R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / プラスミド: pGEX2TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (RIL) / 参照: UniProt: Q15843
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M NaCl, 10% PEG 10K, 8% PEG400, 5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 100137 / Num. obs: 100052 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3.05→3.36 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 25073 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: rigid body refinement
開始モデル: PDB entry 3DBH

3dbh


解像度: 3.05→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 5064 -random
Rwork0.23 ---
all-100137 --
obs-100052 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.794 Å2--
2---23.304 Å2-
3---1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32420 0 4 0 32424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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