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- PDB-3dbj: Allophycocyanin from Thermosynechococcus vulcanus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dbj
タイトルAllophycocyanin from Thermosynechococcus vulcanus
要素(Allophycocyanin) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / phycobilisome / light harvesting / energy transfer / cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Allophycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Adir, N. / Klartag, M. / McGregor, A. / David, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Allophycocyanin Trimer Stability and Functionality Are Primarily Due to Polar Enhanced Hydrophobicity of the Phycocyanobilin Binding Pocket
著者: McGregor, A. / Klartag, M. / David, L. / Adir, N.
履歴
登録2008年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
C: Allophycocyanin
D: Allophycocyanin
E: Allophycocyanin
F: Allophycocyanin
G: Allophycocyanin
H: Allophycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,48916
ポリマ－139,7798
非ポリマー4,7108
水6,485360
1
A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
ヘテロ分子

A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
ヘテロ分子

A: Allophycocyanin
B: Allophycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,36712
ポリマ－104,8346
非ポリマー3,5326
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20690 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area41660 Å2
手法PISA
2
C: Allophycocyanin
D: Allophycocyanin
ヘテロ分子

C: Allophycocyanin
D: Allophycocyanin
ヘテロ分子

C: Allophycocyanin
D: Allophycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,36712
ポリマ－104,8346
非ポリマー3,5326
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area20710 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area41640 Å2
手法PISA
3
E: Allophycocyanin
F: Allophycocyanin
ヘテロ分子

E: Allophycocyanin
F: Allophycocyanin
ヘテロ分子

E: Allophycocyanin
F: Allophycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,36712
ポリマ－104,8346
非ポリマー3,5326
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area20720 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area41680 Å2
手法PISA
4
G: Allophycocyanin
H: Allophycocyanin
ヘテロ分子

G: Allophycocyanin
H: Allophycocyanin
ヘテロ分子

G: Allophycocyanin
H: Allophycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,36712
ポリマ－104,8346
非ポリマー3,5326
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20730 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area41630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.597, 102.597, 128.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
Allophycocyanin


分子量: 17555.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: B3VNK2
#2: タンパク質
Allophycocyanin


分子量: 17388.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: B3VNK3
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6% PEG 4000, 400mM MgSO4, 20mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 30684 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ALL

1all


解像度: 2.9→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 2913 -random
Rwork0.2117 ---
all-33555 --
obs-29023 8.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.424 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9744 0 344 360 10448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0077
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.48
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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