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- PDB-3dba: Crystal structure of the cGMP-bound GAF a domain from the photore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dba
タイトルCrystal structure of the cGMP-bound GAF a domain from the photoreceptor phosphodiesterase 6C
要素Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
キーワードHYDROLASE / 3' / 5' cGMP / GAF domain / cyclic nucleotide phosphodiesterase / cGMP / Lipoprotein / Membrane / Prenylation / Sensory transduction / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / visual perception / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. ...GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Martinez, S.E. / Heikaus, C.C. / Klevit, R.E. / Beavo, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Structure of the GAF A Domain from Phosphodiesterase 6C Reveals Determinants of cGMP Binding, a Conserved Binding Surface, and a Large cGMP-dependent Conformational Change.
著者: Martinez, S.E. / Heikaus, C.C. / Klevit, R.E. / Beavo, J.A.
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
B: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6039
ポリマ－41,4522
非ポリマー1,1517
水1,42379
1
A: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
B: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
ヘテロ分子

A: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
B: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,20618
ポリマ－82,9044
非ポリマー2,30214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
2
A: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3475
ポリマ－20,7261
非ポリマー6214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2554
ポリマ－20,7261
非ポリマー5293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.598, 67.598, 198.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' / cGMP phosphodiesterase 6C


分子量: 20725.941 Da / 分子数: 2 / 断片: GAF A domain (UNP residues 55-225) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cone cells of retina / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 株: Rhode Island red / 遺伝子: PDE6C / プラスミド: pRUNH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 cells / 参照: UniProt: P52731, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-35G / GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS SEQUENCING OF THE EXPRESSION PLASMID REVEALED AN APPARENT MUTATION R93A, ...ACCORDING TO THE AUTHORS SEQUENCING OF THE EXPRESSION PLASMID REVEALED AN APPARENT MUTATION R93A, WITH REFERENCE TO THE MRNA SEQUENCE IN ENTREZ ENTRY NM_204986. HOWEVER, A CHICKEN GENOMIC CONTIG ENTREZ NW_001471719 SHOWS AN ALA CODON GCC INSTEAD OF THE ARG CODON CGC. NEARLY ALL PDE6 SEQUENCES HAVE AN ALA AT THIS POSITION. IN THE MODEL, THIS ALA IS COMPLETELY BURIED IN A PACKED HYDROPHOBIC ENVIRONMENT. THEREFORE, THE ENTREZ MRNA ENTRY LIKELY HAS A TRANSPOSITION ERROR OF THE FIRST TWO BASES IN THIS CODON.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月25日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→43.85 Å / Num. all: 17389 / Num. obs: 17389 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 51.8
反射 シェル解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1715 / Rsym value: 56.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.57→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 28.428 / SU ML: 0.282 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25705 860 5 %RANDOM
Rwork0.22063 ---
obs0.22245 17159 98.15 %-
all-17389 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.33 Å23.67 Å20 Å2
2--7.33 Å20 Å2
3----11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 76 79 2891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222861
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2592.0013865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81334806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9465340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.16125.079126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.93615532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6641514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.21948
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21568
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.07572218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7687682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.907102784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75271345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.623101081
LS精密化 シェル解像度: 2.572→2.639 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 61 -
Rwork0.354 1170 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4754-1.1617-1.56582.60781.01918.7551-0.01150.0375-0.03470.17160.0040.3088-0.1444-0.7290.0075-0.1307-0.2421-0.0137-0.41250.0515-0.139914.516638.620515.6737
24.3089-1.47562.40845.7070.21287.83510.53010.8492-0.0519-0.9781-0.2802-0.2951.24360.9836-0.250.35730.0284-0.0558-0.18420.0209-0.124138.824717.188914.8022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA55 - 2252 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2BB55 - 2252 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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