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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dba | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the cGMP-bound GAF a domain from the photoreceptor phosphodiesterase 6C | ||||||
要素 | Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' | ||||||
キーワード | HYDROLASE / 3' / 5' cGMP / GAF domain / cyclic nucleotide phosphodiesterase / cGMP / Lipoprotein / Membrane / Prenylation / Sensory transduction / Vision | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / visual perception / cAMP-mediated signaling / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez, S.E. / Heikaus, C.C. / Klevit, R.E. / Beavo, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: The Structure of the GAF A Domain from Phosphodiesterase 6C Reveals Determinants of cGMP Binding, a Conserved Binding Surface, and a Large cGMP-dependent Conformational Change. 著者: Martinez, S.E. / Heikaus, C.C. / Klevit, R.E. / Beavo, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dba.cif.gz | 84.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dba.ent.gz | 64.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dba.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dba_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dba_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3dba_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dba_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/3dba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/3dba | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20725.941 Da / 分子数: 2 / 断片: GAF A domain (UNP residues 55-225) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cone cells of retina / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 株: Rhode Island red / 遺伝子: PDE6C / プラスミド: pRUNH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 cells / 参照: UniProt: P52731, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ACCORDING TO THE AUTHORS SEQUENCING OF THE EXPRESSION PLASMID REVEALED AN APPARENT MUTATION R93A, ...ACCORDING TO THE AUTHORS SEQUENCING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月25日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→43.85 Å / Num. all: 17389 / Num. obs: 17389 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 51.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1715 / Rsym value: 56.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.57→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 28.428 / SU ML: 0.282 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.876 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→43.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.572→2.639 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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