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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3db7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative calcium-regulated periplasmic protein (bt0923) from bacteroides thetaiotaomicron at 1.40 A resolution | ||||||
![]() | putative calcium-regulated periplasmic protein | ||||||
![]() | Ca-BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy - #30 / Putative beta-lactamase-inhibitor-like, PepSY-like / Putative beta-lactamase-inhibitor-like, PepSY-like / Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Putative periplasmic protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putative calcium-regulated periplasmic protein of unknown function (NP_809836.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.40 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT ONLY WHEN CA1 AND CA2 ARE INCLUDED IN THE CALCULATION, DOES PISA (v1.14) PREDICT THAT A STABLE DIMER COULD BE A PROBABLE QUATERNARY STRUCTURE. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING (SEC+SLS) WITHOUT ADDED CALCIUM SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. WHEN A SAMPLE WAS RUN WITH 0.2 M CALCIUM CHLORIDE IN THE MOBILE PHASE (SIMILAR CONCENTRATION TO THAT IN THE CRYSTALLIZATION REAGENT), THE SEC+SLS RESULTS SHOWED PRIMARILY DIMER. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14790.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NP_809836.1, BT_0923 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.2000M CaAcetate, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 7., NANODROP, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月4日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.4→24.922 Å / Num. obs: 23150 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.149 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 10.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4.ETHYLENE GLYCOL AND CALCIUM IONS FROM THE CRYSTALLIZATION COND ARE MODELED IN THIS STRUCTURE.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.575 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.922 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.4168 Å / Origin y: 48.0223 Å / Origin z: 9.8704 Å
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