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- PDB-3dav: Schizosaccharomyces Pombe Profilin crystallized from Sodium formate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dav
タイトルSchizosaccharomyces Pombe Profilin crystallized from Sodium formate
要素Profilin
キーワードPROTEIN BINDING / profilin / yeast / pombe / protein-protein interaction / Actin-binding / Cytoplasm / Cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


cytogamy / actin cortical patch organization / medial cortex / cell cortex of cell tip / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actin cortical patch / sequestering of actin monomers / mating projection tip / actin monomer binding / actin filament polymerization ...cytogamy / actin cortical patch organization / medial cortex / cell cortex of cell tip / mitotic actomyosin contractile ring assembly / actin cortical patch / sequestering of actin monomers / mating projection tip / actin monomer binding / actin filament polymerization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell cortex
類似検索 - 分子機能
: / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ezezika, O.C. / Nolen, B.J. / Pollard, T.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Incompatibility with Formin Cdc12p Prevents Human Profilin from Substituting for Fission Yeast Profilin: INSIGHTS FROM CRYSTAL STRUCTURES OF FISSION YEAST PROFILIN.
著者: Ezezika, O.C. / Younger, N.S. / Lu, J. / Kaiser, D.A. / Corbin, Z.A. / Nolen, B.J. / Kovar, D.R. / Pollard, T.D.
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Profilin
B: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,05211
ポリマ－26,8452
非ポリマー2079
水4,161231
1
A: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4914
ポリマ－13,4221
非ポリマー693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5607
ポリマ－13,4221
非ポリマー1386
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.873, 82.426, 39.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Profilin


分子量: 13422.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: Schizosaccharomyces pombe / 遺伝子: cdc3, SPAC4A8.15c / プラスミド: pMW-SpPRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21(DE3) / 参照: UniProt: P39825
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4.0 M sodium formate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月17日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 11429 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 15.28
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 747 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: 3D9Y

3d9y


解像度: 2.2→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 12.947 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 534 4.7 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.176 10814 --
obs0.176 11348 96.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.058 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1868 0 9 231 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9682586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3175250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.43324.11868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33915304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.637158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4670.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2991.51238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56121972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9033698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.54.5614
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 26 -
Rwork0.233 579 -
all-605 -
obs-579 69.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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