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- PDB-3dab: Structure of the human Mdmx protein bound to the p53 tumor suppre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dab
タイトルStructure of the human Mdmx protein bound to the p53 tumor suppressor transactivation domain
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • Mdm4 protein
キーワードCELL CYCLE / MDMX / MDM4 / HDMX / HDM4 / MDM-4 / MDM-X / MDM2 / HDM2 / P53 / tumor / nucleus / oncogene / apoptosis / disease mutation / DNA-binding / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator ...atrial septum development / heart valve development / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / atrioventricular valve morphogenesis / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / endocardial cushion morphogenesis / histone deacetylase regulator activity / ventricular septum development / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / T cell lineage commitment / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of execution phase of apoptosis / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / viral process / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / glial cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitophagy / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / gastrulation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / response to salt stress
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 ...MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Zn-finger in Ran binding protein and others / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / p53-like transcription factor, DNA-binding / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Mdm4 / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Popowicz, G.M. / Czarna, A. / Holak, T.A.
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2008
タイトル: Structure of the human Mdmx protein bound to the p53 tumor suppressor transactivation domain.
著者: Popowicz, G.M. / Czarna, A. / Holak, T.A.
履歴
登録2008年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mdm4 protein
B: Cellular tumor antigen p53
C: Mdm4 protein
D: Cellular tumor antigen p53
E: Mdm4 protein
F: Cellular tumor antigen p53
G: Mdm4 protein
H: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3288
ポリマ－48,3288
非ポリマー00
水7,728429
1
A: Mdm4 protein
B: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0822
ポリマ－12,0822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area5850 Å2
手法PISA
2
C: Mdm4 protein
D: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0822
ポリマ－12,0822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-9.5 kcal/mol
Surface area5770 Å2
手法PISA
3
E: Mdm4 protein
F: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0822
ポリマ－12,0822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-6.9 kcal/mol
Surface area5770 Å2
手法PISA
4
G: Mdm4 protein
H: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0822
ポリマ－12,0822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-12.4 kcal/mol
Surface area5860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.730, 58.870, 96.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Mdm4 protein / p53-binding protein Mdm4 / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / Double minute 4 protein


分子量: 10274.058 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / プラスミド: pET-46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 RIL / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド
Cellular tumor antigen p53 / Tumor suppressor p53 / Phosphoprotein p53 / Antigen NY-CO-13


分子量: 1807.973 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 15-29 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic human p53 peptide / 参照: UniProt: P04637
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M MES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 32474 / Num. obs: 31292 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YCR

1ycr


解像度: 1.9→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.93 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 1626 5.1 %RANDOM
Rwork0.19657 ---
obs0.19978 30432 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.327 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å2-0.49 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3151 0 0 429 3580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9864343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08935332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.3655386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.98825144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74515585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2421512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.22169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21582
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3510.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2690.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.52036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1611.5788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26123143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86131362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7224.51200
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 82 -
Rwork0.224 2029 -
obs--89.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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