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- PDB-3d9t: CIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d9t
タイトルCIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE)
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
  • Caspase-9
キーワードAPOPTOSIS / zinc finger / Cytoplasm / Metal-binding / Polymorphism / Zinc / Zinc-finger / Alternative splicing / Hydrolase / Protease / Thiol protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-9 / caspase complex / negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / Formation of apoptosome / apoptosome / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway ...caspase-9 / caspase complex / negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / Formation of apoptosome / apoptosome / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / leukocyte apoptotic process / CD40 receptor complex / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / negative regulation of necroptotic process / XY body / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / non-canonical NF-kappaB signal transduction / fibroblast apoptotic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of protein monoubiquitination / TNFR1-induced proapoptotic signaling / platelet formation / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to anesthetic / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / necroptotic process / regulation of cell differentiation / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of execution phase of apoptosis / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cAMP / cellular response to dexamethasone stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / protein maturation / placenta development / ubiquitin binding / response to ischemia / positive regulation of protein ubiquitination / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / kidney development / enzyme activator activity / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein processing / Regulation of necroptotic cell death / SH3 domain binding / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / ubiquitin-protein transferase activity / cellular response to UV / ubiquitin protein ligase activity / response to estradiol / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of cell population proliferation / protein-folding chaperone binding / transferase activity / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / response to ethanol / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CASP9, CARD domain / BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat ...CASP9, CARD domain / BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase-9 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kulathila, R. / Price, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: The structure of the BIR3 domain of cIAP1 in complex with the N-terminal peptides of SMAC and caspase-9.
著者: Kulathila, R. / Vash, B. / Sage, D. / Cornell-Kennon, S. / Wright, K. / Koehn, J. / Stams, T. / Clark, K. / Price, A.
履歴
登録2008年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
C: Caspase-9
D: Caspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8636
ポリマ－23,7334
非ポリマー1312
水4,828268
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
C: Caspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9323
ポリマ－11,8662
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5650 Å2
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
D: Caspase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9323
ポリマ－11,8662
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.268, 68.427, 122.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the heterodimeric complex of CIAP1-BIR3 with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE).

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Inhibitor of apoptosis protein 2 / HIAP2 / HIAP-2 / C-IAP1 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2 ...Inhibitor of apoptosis protein 2 / HIAP2 / HIAP-2 / C-IAP1 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2 / IAP homolog B / RING finger protein 48


分子量: 11174.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC2, API1, IAP2, MIHB, RNF48 / プラスミド: pNAT40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q13490
#2: タンパク質・ペプチド Caspase-9 / CASP-9 / ICE-like apoptotic protease 6 / ICE-LAP6 / Apoptotic protease Mch-6 / Apoptotic protease- ...CASP-9 / ICE-like apoptotic protease 6 / ICE-LAP6 / Apoptotic protease Mch-6 / Apoptotic protease-activating factor 3 / APAF-3 / Caspase-9 subunit p35 / Caspase-9 subunit p10


分子量: 691.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide synthesized based on N-terminal fragment of Caspase-9 (ATPFQE).
参照: UniProt: P55211, caspase-9
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3.1M NA FORMATE,10% GLYCEROL,1.5MM PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→61.2 Å / Num. all: 41742 / Num. obs: 40966 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 35.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 4030 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNX精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NW9

1nw9


解像度: 1.5→35.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 407066.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 4141 10.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.186 40966 98 %-
all-41742 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.8947 Å2 / ksol: 0.403914 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---3.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1639 0 2 268 1909
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.082.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 666 10.3 %
Rwork0.204 5773 -
obs-6439 93.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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