PDB-3d8b: Crystal structure of human fidgetin-like protein 1 in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d8b

タイトル

Crystal structure of human fidgetin-like protein 1 in complex with ADP

要素

Fidgetin-like protein 1

キーワード

HYDROLASE / AAA+ / ATPase / ADP / SGC / Structural Genomics Consortium / ATP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule severing ATPase activity / osteoblast proliferation / male meiotic nuclear division / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nuclear chromosome / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP metabolic process / cytoplasmic microtubule organization / cellular response to ionizing radiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Karlberg, T. / Wisniewska, M. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human fidgetin-like protein 1.
著者: Karlberg, T. / Wisniewska, M. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / ...

履歴

登録	2008年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d8b.cif.gz	131.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d8b.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d8b_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d8b_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3d8b_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	3d8b_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b9pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fbn-d 2bm7-d 4ikv-d 7kcc-1 3iuk-2 4urh-3 3myr-4 5u2r-d 7bhu-1 6wkb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fidgetin-like protein 1

B: Fidgetin-like protein 1

ヘテロ分子

79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.430, 85.430, 197.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-174- HOH

詳細

AUTHORS STATE THAT THE DIMER THAT IS PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT IS POSSIBLY THE BIOLOGICAL ASSEMBLY

#1: タンパク質	Fidgetin-like protein 1 分子量: 39506.980 Da / 分子数: 2 / 断片: AAA+ ATPase domain: Residues 341-674 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIGNL1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE 参照: UniProt: Q6PIW4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris, 0.02M ADP, 0.01M MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. all: 49968 / Num. obs: 49968 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 6683 / R_sym value: 0.556 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3B9P

3b9p

解像度: 2→24.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 6.573 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23669	2499	5 %	RANDOM
R_work	0.19713	-	-	-
all	0.19909	47466	-	-
obs	0.19909	47466	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.025 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4314	0	54	283	4651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.421	1.998	6035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3	7621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.74	5	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.886	24.108	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.188	15	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.581	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.951	1.5	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.191	1.5	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.492	2	4502
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.171	3	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.524	4.5	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	181	-
R_work	0.194	3440	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5755	0.0085	-0.0007	0.6738	0.0569	0.262	0	0.0056	0.0854	-0.0434	-0.0114	-0.0293	0.0701	-0.0428	0.0114	-0.0183	-0.0367	-0.0156	-0.0168	0.008	-0.0146	-54.54	-4.183	0.207
2	0.8999	-0.3193	0.1161	1.1304	-0.4086	0.4533	-0.06	0.0041	0.0806	-0.0025	0.0462	0.1236	-0.007	-0.1398	0.0138	-0.0335	-0.0132	-0.0202	-0.0092	-0.0007	0.0098	-65.085	2.015	3.585
3	1.9031	0.4476	0.9174	0.263	0.4293	0.9719	0.0578	0.0054	-0.0272	0.0658	-0.004	0.0101	0.2081	0.0562	-0.0538	0.0087	-0.0077	-0.0181	-0.0263	0.008	-0.0465	-43.244	-11.467	20.459
4	0.7314	0.4563	0.025	0.7564	-0.1512	0.5521	0.0195	-0.0553	0.0243	0.0249	-0.0505	0.0316	0.0087	0.0786	0.031	-0.0346	-0.0326	0.0002	0.0045	0.0028	-0.03	-34.039	8.653	10.591
5	1.6639	0.577	-0.47	3.1272	-0.778	1.4802	0.0911	-0.0893	0.3454	0.1407	-0.0802	0.4235	-0.0709	0.0597	-0.0108	-0.0709	-0.042	0.0197	-0.0456	-0.0239	0.0797	-41.302	20.991	11.132
6	0.2881	0.4393	0.3612	1.2682	0.8363	0.7911	-0.025	0.0306	-0.0121	-0.0692	0.0649	-0.0198	0.0141	0.1445	-0.0399	-0.0168	-0.0231	0.0102	-0.0045	0.0064	-0.0419	-33.23	-0.726	-7.68

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	374 - 474	57 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	475 - 556	158 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	557 - 674	240 - 357
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	379 - 471	62 - 154
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	477 - 537	160 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	538 - 672	221 - 355

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