PDB-3d7l: The crystal structure of the protein lin1944 from Listeria innocua .

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d7l

タイトル

The crystal structure of the protein lin1944 from Listeria innocua .

要素

Lin1944 protein

キーワード

structural genomics / unknown function / APC89317 / lin1944 / Listeria innocua / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Lin1944 protein

機能・相同性情報

生物種

Listeria innocua (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Tan, K. / Bigelow, L. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein lin1944 from Listeria innocua.
著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d7l.cif.gz	349.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d7l.ent.gz	299.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3d7l_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d7l_full_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示
XML形式データ	3d7l_validation.xml.gz	71.6 KB	表示
CIF形式データ	3d7l_validation.cif.gz	102.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7l	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2qb5-1 3ops-4 6ejj-1 6hfz-4 3v0e-d 6ejk-2 6ejk-1 1w82-d 3n4f-4 4bkz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC89317

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC89317

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lin1944 protein

B: Lin1944 protein

C: Lin1944 protein

D: Lin1944 protein

E: Lin1944 protein

F: Lin1944 protein

G: Lin1944 protein

H: Lin1944 protein

I: Lin1944 protein

194 kDa, 9 ポリマー
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1

C: Lin1944 protein

D: Lin1944 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
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2

E: Lin1944 protein

F: Lin1944 protein

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43.1 kDa, 2 ポリマー
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3

G: Lin1944 protein

H: Lin1944 protein

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4

A: Lin1944 protein

B: Lin1944 protein

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43.1 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Lin1944 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.815, 128.200, 404.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-276- HOH
2	1	H-299- HOH

詳細

Authors state that the assembly is experimentally unknown. The chains A and B, C and D, E and F, G and H are predicted to form dimers respectively. The chain I also forms a dimer with its symmetry-related molecule of an operator (-x, y, -z+1/2).

#1: タンパク質	Lin1944 protein 分子量: 21556.656 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: lin1944 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92AH8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1M DL-Malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.5 Å / Num. all: 112421 / Num. obs: 112421 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.06→46.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 8.419 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20613	5541	5 %	RANDOM
R_work	0.16258	-	-	-
obs	0.16477	105122	97.9 %	-
all	-	105122	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.771 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→46.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13333	0	0	1124	14457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	13522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.978	18303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.918	5	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.191	25.605	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.258	15	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.499	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	6222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	9436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.818	1.5	9226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.16	2	14370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.225	3	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.524	4.5	3933
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.057→2.11 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	358	-
R_work	0.217	7003	-
obs	-	-	89.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5936	0.3599	0.1099	1.0025	0.1603	0.6575	-0.0388	0.0469	0.1133	-0.0687	0.0115	0.0161	-0.1002	0.0525	0.0273	-0.0546	-0.0659	-0.0274	-0.0344	0.0417	-0.1226	60.388	84.312	153.104
2	1.0206	0.3947	0.299	0.7562	0.2678	1.1216	-0.0187	0.0787	-0.1226	-0.0493	0.0318	-0.0762	0.0804	0.1391	-0.0131	-0.0886	-0.0216	-0.0036	-0.0353	0.0307	-0.1027	65.088	56.603	153.749
3	0.769	0.0159	0.084	0.4081	0.0046	1.2835	-0.0392	-0.0197	0.0269	-0.0444	0.0067	0.1068	-0.0774	-0.1586	0.0325	-0.0884	-0.0407	-0.057	-0.0135	0.044	-0.0874	26.869	64.33	154.546
4	0.8009	0.1885	-0.1315	0.8212	0.023	1.232	0.0046	-0.0792	-0.0966	0.0539	-0.0072	0.0336	0.1107	-0.0639	0.0026	-0.0774	-0.0529	-0.0327	-0.0307	0.0609	-0.1021	34.103	47.813	175.914
5	0.9589	0.282	-0.1584	0.7895	-0.042	1.0997	0.0135	-0.1388	-0.0097	0.1335	-0.0425	-0.091	-0.0644	0.1423	0.0289	-0.0435	-0.0608	-0.051	0.0298	0.0453	-0.1346	61.972	70.947	189.848
6	1.0243	0.4604	-0.1294	0.8228	-0.1604	1.0079	0.0601	-0.1052	0.1945	0.1421	-0.0091	0.1457	-0.2397	-0.0998	-0.051	0.0165	-0.0025	0.0132	0.0017	0.0042	-0.0685	38.498	85.488	185.1
7	0.6379	0.0278	0.2174	1.1986	0.0704	1.1171	0.016	-0.0407	-0.0225	0.1147	-0.0334	-0.1181	-0.0038	0.1605	0.0174	-0.0741	-0.0232	-0.0495	-0.013	0.0259	-0.1105	83.384	79.957	122.302
8	0.6094	0.271	0.2156	0.9455	0.129	0.7431	0.0493	-0.0798	-0.0232	0.0781	-0.0524	0.1008	0.0743	-0.0718	0.003	-0.0606	-0.0327	-0.0118	-0.0322	0.0085	-0.1092	58.404	68.169	117.051
9	0.6646	-0.0655	-0.0345	1.1495	-0.0794	1.0431	0.012	-0.0065	0.0545	0.0926	-0.0472	0.1033	-0.101	-0.0996	0.0352	-0.0886	0.0151	-0.0141	-0.0529	-0.0148	-0.0853	57.971	106.326	108.672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-2 - 199	1 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 199	3 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	0 - 199	3 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	-1 - 199	2 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	0 - 199	3 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 199	4 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	0 - 199	3 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	-2 - 199	1 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	0 - 199	3 - 202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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