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- PDB-3d7j: SCO6650, a 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homolog from Strep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d7j
タイトルSCO6650, a 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homolog from Streptomyces coelicolor
要素Uncharacterized protein SCO6650
キーワードUNKNOWN FUNCTION / T-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


6-carboxytetrahydropterin synthase / 6-carboxytetrahydropterin synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Spoonamore, J.E. / Roberts, S.A. / Heroux, A. / Bandarian, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of a 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase homolog from Streptomyces coelicolor.
著者: Spoonamore, J.E. / Roberts, S.A. / Heroux, A. / Bandarian, V.
履歴
登録2008年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein SCO6650
B: Uncharacterized protein SCO6650
C: Uncharacterized protein SCO6650
D: Uncharacterized protein SCO6650
E: Uncharacterized protein SCO6650
F: Uncharacterized protein SCO6650
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,25811
ポリマ－100,1066
非ポリマー1525
水12,196677
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15440 Å2
ΔGint-126.6 kcal/mol
Surface area29740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.400, 88.000, 120.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein SCO6650


分子量: 16684.355 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A(3)2 / 遺伝子: SCO6650 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O86696
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2 M NaCl, 10% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X26C10.9777, 0.9600, 0.9787
シンクロトロンNSLS X26C20.9771
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2005年4月5日
ADSC QUANTUM 42CCD2005年4月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si crystal (111)MADMx-ray1
2Si crystal (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97771
20.961
30.97871
40.97711
反射解像度: 1.45→41.34 Å / Num. all: 141171 / Num. obs: 140447 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 44
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7012 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→41.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.313 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 7022 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.207 140447 --
obs0.207 133425 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→41.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6206 0 5 677 6888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0216471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9328789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6835830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59423.028327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.425151022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3331563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.23152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1450.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1640.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.54058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24926475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94732455
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0724.52311
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.485 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 368 -
Rwork0.305 7199 -
obs--70.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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