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- PDB-3d79: Crystal structure of hypothetical protein PH0734.1 from hyperther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d79
タイトルCrystal structure of hypothetical protein PH0734.1 from hyperthermophilic archaea Pyrococcus horikoshii OT3
要素Putative uncharacterized protein PH0734
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PUA
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-PUA domain; domain 1 / Conserved hypothetical protein CHP03684 / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase ...Pre-PUA domain; domain 1 / Conserved hypothetical protein CHP03684 / MCT-1/Tma20 / Pre-PUA domain / Pre-PUA-like domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PUA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Nishimura, Y. / Miyazono, K. / Sawano, Y. / Makino, T. / Nagata, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein PH0734.1 from hyperthermophilic archaea Pyrococcus horikoshii OT3.
著者: Miyazono, K. / Nishimura, Y. / Sawano, Y. / Makino, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2008年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein PH0734


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4531
ポリマ－20,4531
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.921, 52.921, 133.313
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PH0734 / PUA domain


分子量: 20453.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0734.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O58465
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→25 Å / Num. obs: 23373 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 2.392 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.73-1.79190.22122790.874100
1.79-1.8618.80.17123040.993100
1.86-1.9518.80.12822971.221100
1.95-2.0518.70.10523101.505100
2.05-2.1818.60.08622961.964100
2.18-2.3518.60.07523152.264100
2.35-2.5818.80.0723372.628100
2.58-2.96190.06523553.286100
2.96-3.7219.10.05823764.26299.8
3.72-2518.40.05525044.64298.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.75 Å23.05 Å
Translation1.75 Å23.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 1.993 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1198 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 23327 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1331 0 0 182 1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1261.9781818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5655166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.13524.48358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37115272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2946
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0870.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.621.5858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08621348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6123551
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6624.5470
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 90 -
Rwork0.235 1596 -
all-1686 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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