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万見
- PDB-3d6v: Crystal structure of 4-(trifluoromethyldiazirinyl)phenylalanyl-tR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d6v
タイトルCrystal structure of 4-(trifluoromethyldiazirinyl)phenylalanyl-tRNA synthetase
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / photocrosslinking unnatural amino acid / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Cytoplasm / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / 4-(2,2,2-TRIFLUOROETHYL)-L-PHENYLALANINE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, W. / Tippmann, E. / Mack, A.V. / Schultz, P.G.
引用ジャーナル: ChemBioChem / 年: 2007
タイトル: A genetically encoded diazirine photocrosslinker in Escherichia coli
著者: Tippmann, E. / Liu, W. / Summerer, D. / Mack, A.V. / Schultz, P.G.
履歴
登録2008年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年5月27日ID: 2Q1I
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4173
ポリマ－36,0921
非ポリマー3252
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8356
ポリマ－72,1842
非ポリマー6514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area4310 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.155, 104.155, 70.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase / Tyrosine--tRNA ligase / TyrRS


分子量: 36091.980 Da / 分子数: 1 / 変異: Y32L, H70F, E107S, Q109M, D158P, I159L, L162E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TFQ / 4-(2,2,2-TRIFLUOROETHYL)-L-PHENYLALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 247.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12F3NO2
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% PEG8K, 10-20% PEG300, 9% glycerol, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 19257 / Num. obs: 18987 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / % possible all: 84.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.62 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26959 1021 5.1 %RANDOM
Rwork0.19323 ---
all0.197 19257 --
obs0.19689 18987 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 21 169 2689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2782.0053452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0485315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81924.696115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.85815515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9431515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.21732
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3480.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.691.51616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54522503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.18131085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5244.5945
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 68 -
Rwork0.281 1158 -
obs--84.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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