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- PDB-3d6r: Structure of an avian influenza A virus NS1 protein effector domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d6r
タイトルStructure of an avian influenza A virus NS1 protein effector domain
要素Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza / NS1 / effector domain / Alternative splicing / Cytoplasm / Host-virus interaction / Interferon antiviral system evasion / Nucleus / RNA-binding / Suppressor of RNA silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Hale, B.G. / Barclay, W.S. / Randall, R.E. / Russell, R.J.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2008
タイトル: Structure of an avian influenza A virus NS1 protein effector domain.
著者: Hale, B.G. / Barclay, W.S. / Randall, R.E. / Russell, R.J.
履歴
登録2008年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Non-structural protein 1
A: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5092
ポリマ－35,5092
非ポリマー00
水6,972387
1
B: Non-structural protein 1
A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1
A: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0174
ポリマ－71,0174
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_435x-y-1,-y-2,-z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
2
A: Non-structural protein 1

A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0174
ポリマ－71,0174
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
crystal symmetry operation6_454x-y-1,x,z-1/61
crystal symmetry operation8_445x-y-1,-y-1,-z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
3
A: Non-structural protein 1

B: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5092
ポリマ－35,5092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_435x-y-1,-y-2,-z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.249, 65.249, 338.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

HOH

21A-270-

HOH

31A-301-

HOH

41A-368-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 17754.348 Da / 分子数: 2 / 断片: effector domain (UNP residues 73-230) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Duck/Alberta/60/1976 H12N5 / 遺伝子: NS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69270
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8K, hepes, Na thiocyanate, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 30438 / Num. obs: 26147 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.62 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.997→19.97 Å / FOM work R set: 0.858 / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1344 5.14 %RANDOM
Rwork0.183 24802 --
obs0.185 26146 47.77 %-
all-30438 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.602 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 9.73 Å2 / Biso mean: 26.88 Å2 / Biso min: 74.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.586 Å20 Å2-0 Å2
2--2.586 Å20 Å2
3----5.172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 0 387 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0692608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.604732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.997-2.0690.283870.2321534162130
2.069-2.1510.2751210.1912210233143
2.151-2.2490.1981350.1742533266848
2.249-2.3670.2221580.1752587274551
2.367-2.5160.2231330.1822680281351
2.516-2.7090.2521440.1852613275751
2.709-2.9810.2311510.192637278851
2.981-3.4110.221330.1762644277751
3.411-4.290.1851520.1562627277951
4.29-19.9710.2281300.22737286752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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