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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d68 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a T325I/T329I/H333Y/H335Q mutant of Thrombin-Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFI-IIYQ) | ||||||
要素 | Carboxypeptidase B2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / Carboxypeptidase / Glycoprotein / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration ...carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / cellular response to glucose stimulus / protein catabolic process / blood coagulation / response to xenobiotic stimulus / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Brondijk, T.H.C. / Huizinga, E.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Blood / 年: 2008 タイトル: Crystal structures of TAFI elucidate the inactivation mechanism of activated TAFI: a novel mechanism for enzyme autoregulation 著者: Marx, P.F. / Brondijk, T.H. / Plug, T. / Romijn, R.A. / Hemrika, W. / Meijers, J.C.M. / Huizinga, E.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d68.cif.gz | 252.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d68.ent.gz | 203.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3d68_validation.pdf.gz | 507.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3d68_full_validation.pdf.gz | 548.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3d68_validation.xml.gz | 47.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3d68_validation.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d68 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 650 / Label seq-ID: 24
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48707.805 Da / 分子数: 3 / 断片: TAFI-IIYQ, UNP residues 24-423 / 変異: T325I, T329I, H333Y, H335Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPB2 / プラスミド: pABC345 / Cell (発現宿主): Embryonic Kidney cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293ES / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96IY4, carboxypeptidase U #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | 配列の詳細 | THE SEQUENCE IS A NATURALLY OCCURING VARIANT BASED ON DBSNP:RS3742264 (NCBI). | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.81 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 16-18% PEG 3000, 0.18-0.22mM Na/K-tartrate, 50mM L-glutamate, 50mM L-arginine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97295 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97295 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→49.03 Å / Num. all: 50676 / Num. obs: 50644 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3D66 解像度: 2.8→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 29.163 / SU ML: 0.248 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.585 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.601 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.03 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 5585 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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