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万見
- PDB-3d4v: Crystal Structure of an AlkA Host/Guest Complex N7MethylGuanine:C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d4v
タイトルCrystal Structure of an AlkA Host/Guest Complex N7MethylGuanine:Cytosine Base Pair
要素
  • 5'-D(*DGP*DAP*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*(FMG)P*DTP*DGP*DCP*DC)-3'
  • 5'-D(*DGP*DGP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DGP*DTP*DC)-3'
  • DNA-3-methyladenine glycosylase 2
キーワードHYDROLASE/DNA / AlkA / N7MethylGuanine / DNA repair / host-guest complex / DNA structure / DNA damage / Hydrolase / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex ...alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex / base-excision repair / DNA repair / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 ...DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / : / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-3-methyladenine glycosylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lee, S. / Bowman, B.R. / Wang, S. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Synthesis and structure of duplex DNA containing the genotoxic nucleobase lesion N7-methylguanine.
著者: Lee, S. / Bowman, B.R. / Ueno, Y. / Wang, S. / Verdine, G.L.
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-3-methyladenine glycosylase 2
B: DNA-3-methyladenine glycosylase 2
C: DNA-3-methyladenine glycosylase 2
D: DNA-3-methyladenine glycosylase 2
E: 5'-D(*DGP*DAP*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*(FMG)P*DTP*DGP*DCP*DC)-3'
F: 5'-D(*DGP*DGP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DGP*DTP*DC)-3'
G: 5'-D(*DGP*DAP*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*(FMG)P*DTP*DGP*DCP*DC)-3'
H: 5'-D(*DGP*DGP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DGP*DTP*DC)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,4198
ポリマ－140,4198
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.100, 100.361, 102.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA-3-methyladenine glycosylase 2 / E.C.3.2.2.21 / DNA-3-methyladenine glycosylase II / 3-methyladenine-DNA glycosylase II / inducible / TAG II / DNA- ...DNA-3-methyladenine glycosylase II / 3-methyladenine-DNA glycosylase II / inducible / TAG II / DNA-3-methyladenine glycosidase II


分子量: 31425.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: alkA, aidA, b2068, JW2053 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04395, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: DNA鎖 5'-D(*DGP*DAP*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*(FMG)P*DTP*DGP*DCP*DC)-3'


分子量: 3720.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*DGP*DGP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DTP*DGP*DTP*DC)-3'


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, NaCl, Na-HEPES, MgCl2, ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2NaCl11
3Na-HEPES11
4MgCl211
5ethylene glycol11
6H2O11
7PEG400012
8NaCl12
9Na-HEPES12
10MgCl212
11ethylene glycol12
12H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 32304 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.39 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.9-33.60.38728900.67688.4
3-3.123.80.31731420.71896
3.12-3.2740.25432580.81299.7
3.27-3.444.10.18632711.013100
3.44-3.654.20.15532981.307100
3.65-3.944.10.13132401.636100
3.94-4.334.10.09833041.85599.9
4.33-4.9640.08532741.997100
4.96-6.244.20.07833151.624100
6.24-504.10.05333121.97898.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 2.9→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 1502 4.5 %
Rwork0.208 --
obs-30435 91.5 %
溶媒の処理Bsol: 22.028 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 62.049 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.329 Å20 Å2-20.039 Å2
2--1.143 Å20 Å2
3---19.185 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8850 976 0 21 9847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4n7hopeedit2.par
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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