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- PDB-3d4r: CRYSTAL STRUCTURE OF a DUF2118 family protein (MMP0046) FROM METH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d4r
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a DUF2118 family protein (MMP0046) FROM METHANOCOCCUS MARIPALUDIS AT 2.20 A RESOLUTION
要素Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipocalin - #400 / Protein of unknown function DUF2118 / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2118) / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Lipocalin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family (NP_987166.1) from Methanococcus maripaludis JJ (DSM 2067) at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
B: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
C: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
D: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
E: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
F: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,60917
ポリマ－118,8826
非ポリマー72711
水9,584532
1
E: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
F: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9387
ポリマ－39,6272
非ポリマー3105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
2
C: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
D: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9206
ポリマ－39,6272
非ポリマー2924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
3
A: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
B: Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7524
ポリマ－39,6272
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.877, 109.858, 135.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
12B
22D
32F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 10 - 150 / Label seq-ID: 29 - 169

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CC
31EE
12BB
22DD
32FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTOMER MAY FORM A DIMER BASED ON CRYSTAL PACKING ANALYSIS. ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIC STATE.

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要素

#1: タンパク質
Domain of Unknown Function from the Pfam-B_34464 Family


分子量: 19813.730 Da / 分子数: 6 / 変異: F74L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌)
株: JJ [DSM 2067] / 遺伝子: NP_987166.1, MMP0046 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q6M171
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE STRAIN CLONED, ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE STRAIN CLONED, METHANOCOCCUS MARIPALUDIS JJ, DIFFERS FROM THE DATABASE SEQUENCE STRAIN, METHANOCOCCUS MARIPALUDIS S2. SEQUENCING OF THE CLONED CONSTRUCT SHOWS A LEUCINE AT POSITION 74 INSTEAD OF A PHENYLALANINE. THE LEUCINE AT POSITION 74 IS SUPPORTED BY THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 277 K
詳細: 21.5% polyethylene glycol 3350, 0.214M ammonium citrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97929,0.97913
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月17日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979291
30.979131
反射解像度: 2.2→28.94 Å / Num. obs: 68137 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→28.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.816 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. EDO WAS MODELED BASED ON CRYO CONDITIONS. 4. RAMACHANDRAN OUTLIERS A50 AND C50 ARE IN GOOD DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 3446 5.1 %
Rwork0.193 --
obs0.195 68065 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7362 0 47 532 7941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.99210464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.951312722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8985983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.23124.369325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17151329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7631529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.25166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.23609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.24116
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8411.54896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1621.51942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31527657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96133266
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7874.52786
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1699loose positional0.665
12C1699loose positional0.675
13E1699loose positional1.165
21B1671loose positional0.885
22D1671loose positional0.885
23F1671loose positional1.595
11A1699loose thermal4.6810
12C1699loose thermal2.6210
13E1699loose thermal3.1910
21B1671loose thermal5.2910
22D1671loose thermal3.3110
23F1671loose thermal3.7410
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 224 -
Rwork0.279 4685 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28570.7602-0.41411.3477-0.43381.42650.0401-0.2775-0.0737-0.0093-0.0328-0.04350.00020.2007-0.0074-0.16810.02640.0131-0.1322-0.0003-0.090435.76232.60758.1
21.79760.7933-1.04211.6108-1.20292.9603-0.07720.12380.0367-0.20950.0910.1876-0.0124-0.3026-0.0138-0.14590.0176-0.0342-0.1628-0.0332-0.075413.37134.06551.256
31.78790.34530.69972.16351.07591.9742-0.1058-0.34240.11210.25060.025-0.0175-0.164-0.31650.0807-0.01120.161-0.0006-0.1106-0.0235-0.106445.0698.97929.495
42.1851-0.23390.02471.5388-0.37014.22620.09550.00550.33550.1176-0.1552-0.2685-0.79580.21220.05970.12120.0075-0.0279-0.26670.0238-0.020862.97419.70518.899
52.61162.56972.38445.18892.66674.24880.2551-0.0813-0.25630.37920.0932-0.05740.83040.0582-0.34830.087-0.015-0.0432-0.15180.0133-0.117515.43112.00324.284
60.56270.4766-0.11445.5166-0.91471.4646-0.0640.04910-0.37160.10010.43630.1747-0.1512-0.03610.0389-0.1494-0.0818-0.16470.0232-0.12581.82119.775.419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-7 - 15012 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2BB-6 - 15013 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3CC-7 - 15012 - 169
4X-RAY DIFFRACTION4DD-7 - 15012 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5EE-2 - 15017 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6FF-7 - 15012 - 169

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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