PDB-3d45: Crystal structure of mouse PARN in complex with m7GpppG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d45

タイトル

Crystal structure of mouse PARN in complex with m7GpppG

要素

Poly(A)-specific ribonuclease PARN

キーワード

HYDROLASE / PARN / cap analogue / Exonuclease / Magnesium / Metal-binding / Nonsense-mediated mRNA decay / Nuclease / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / priRNA 3'-end processing / siRNA 3'-end processing / Deadenylation of mRNA / cation binding / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / miRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wu, M. / Song, H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural basis of m(7)GpppG binding to poly(A)-specific ribonuclease.
著者: Wu, M. / Nilsson, P. / Henriksson, N. / Niedzwiecka, A. / Lim, M.K. / Cheng, Z. / Kokkoris, K. / Virtanen, A. / Song, H.

履歴

登録	2008年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d45.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d45.ent.gz	132.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1whvS 2a1rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tq0-d 1720 1717 1718 1722 6fsl-d 6vvp-d 2uuu-2 3uuc-d 6ttl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (9) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

B: Poly(A)-specific ribonuclease PARN

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.013, 128.350, 176.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ILE	ILE	A	A	1 - 34	3 - 36
2	1	MET	MET	ILE	ILE	B	B	1 - 34	3 - 36
3	2	PRO	PRO	ARG	ARG	A	A	50 - 140	52 - 142
4	2	PRO	PRO	ARG	ARG	B	B	50 - 140	52 - 142
5	3	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	255 - 350	257 - 352
6	3	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	255 - 350	257 - 352
7	4	ALA	ALA	PRO	PRO	A	A	372 - 410	374 - 412
8	4	ALA	ALA	PRO	PRO	B	B	372 - 410	374 - 412

#1: タンパク質	Poly(A)-specific ribonuclease PARN / Polyadenylate-specific ribonuclease 分子量: 58360.035 Da / 分子数: 2 / 断片: mPARN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Parn / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl-21 / 参照: UniProt: Q8VDG3, poly(A)-specific ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-7MG / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / m7GMP タイプ: RNA linking / 分子量: 379.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 6~10% PEG6000, 100mM MES, pH6.0, 10mM betaine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→103.69 Å / Num. all: 29592 / Num. obs: 29592 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.101
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2A1R 1WHV

2a1r

1whv

解像度: 3→103.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.835 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 40.73 / SU ML: 0.438 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.526 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33371	1293	5 %	RANDOM
R_work	0.2986	-	-	-
obs	0.30035	24512	94.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.434 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→103.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6125	0	104	78	6307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.972	8661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.511	5	746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.074	24.603	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.156	15	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.684	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.265	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.649	1.5	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.183	2	6116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.129	3	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.826	4.5	2545

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
988	tight positional	0.08	0.05
1004	medium positional	0.4	0.5
988	tight thermal	2.1	0.5
1004	medium thermal	1.95	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.471	84	-
R_work	0.353	1776	-
obs	-	-	93.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1309	0.0735	0.999	1.2257	0.1295	1.6689	-0.0992	-0.0627	-0.0375	0.0331	-0.0319	-0.0387	-0.1546	0.0423	0.1311	0.0554	0.0028	0.0041	-0.1933	0.0705	-0.2402	5.4765	19.9658	14.2994
2	0.8125	0.1551	-0.4634	1.398	-0.0104	1.0364	-0.0106	-0.0134	-0.2559	-0.0234	0.0535	0.169	0.2206	0.0345	-0.0429	-0.0201	-0.0064	0.0614	-0.1775	0.0397	-0.0414	-11.0497	-13.4144	-6.2496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 34	3 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	50 - 140	52 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	255 - 350	257 - 352
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	372 - 410	374 - 412
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	440 - 500	442 - 502
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 34	3 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	50 - 140	52 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	255 - 350	257 - 352
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	372 - 410	374 - 412
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	440 - 500	442 - 502

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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