ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.2.0019精密化 ADSCQuantumデータ収集 MOSFLMデータ削減 SCALAデータスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 2A1R 1WHV解像度 : 3→103.69 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.835 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.838 / SU B : 40.73 / SU ML : 0.438 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R Free : 0.526 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.33371 1293 5 % RANDOM Rwork 0.2986 - - - obs 0.30035 24512 94.66 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 76.434 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 4.62 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -2.58 Å2 0 Å2 3- - - -2.04 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3→103.69 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 6125 0 104 78 6307
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.022 6396 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.532 1.972 8661 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.511 5 746 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg42.074 24.603 315 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg21.156 15 1069 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg15.684 15 23 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.103 0.2 924 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 4872 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.256 0.2 3354 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.323 0.2 4365 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.197 0.2 251 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.265 0.2 36 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.205 0.2 3 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.649 1.5 3858 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.183 2 6116 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.129 3 2886 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it1.826 4.5 2545
Refine LS restraints NCS Dom-ID : 1 / Auth asym-ID : A / Ens-ID : 1 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
数 タイプ Rms dev position (Å)Weight position 988 tight positional0.08 0.05 1004 medium positional0.4 0.5 988 tight thermal2.1 0.5 1004 medium thermal1.95 2
LS精密化 シェル 解像度 : 3→3.078 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.471 84 - Rwork 0.353 1776 - obs - - 93.94 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.1309 0.0735 0.999 1.2257 0.1295 1.6689 -0.0992 -0.0627 -0.0375 0.0331 -0.0319 -0.0387 -0.1546 0.0423 0.1311 0.0554 0.0028 0.0041 -0.1933 0.0705 -0.2402 5.4765 19.9658 14.2994 2 0.8125 0.1551 -0.4634 1.398 -0.0104 1.0364 -0.0106 -0.0134 -0.2559 -0.0234 0.0535 0.169 0.2206 0.0345 -0.0429 -0.0201 -0.0064 0.0614 -0.1775 0.0397 -0.0414 -11.0497 -13.4144 -6.2496
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 AA1 - 34 3 - 36 2 X-RAY DIFFRACTION 1 AA50 - 140 52 - 142 3 X-RAY DIFFRACTION 1 AA255 - 350 257 - 352 4 X-RAY DIFFRACTION 1 AA372 - 410 374 - 412 5 X-RAY DIFFRACTION 1 AA440 - 500 442 - 502 6 X-RAY DIFFRACTION 2 BB1 - 34 3 - 36 7 X-RAY DIFFRACTION 2 BB50 - 140 52 - 142 8 X-RAY DIFFRACTION 2 BB255 - 350 257 - 352 9 X-RAY DIFFRACTION 2 BB372 - 410 374 - 412 10 X-RAY DIFFRACTION 2 BB440 - 500 442 - 502