タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月27日 / 詳細: mirrors
放射
モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.38079 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.53→30 Å / Num. all: 52986 / Num. obs: 52986 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル
解像度: 1.53→1.58 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4585 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 85.3
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.2.0019
精密化
MAR345dtb
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
AMoRE
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: model of SeMet FomA form based on MAD data 解像度: 1.53→27.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.221 / SU ML: 0.04 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19801
834
1.6 %
RANDOM
Rwork
0.16864
-
-
-
all
0.16908
50201
-
-
obs
0.16908
50201
94.29 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 26.933 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.36 Å2
0.18 Å2
0 Å2
2-
-
0.36 Å2
0 Å2
3-
-
-
-0.54 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.53→27.49 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
1953
0
9
231
2193
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.016
0.022
2001
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.738
1.971
2716
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
5.409
5
250
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
29.6
21.765
85
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
13.526
15
325
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
14.671
15
22
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.123
0.2
311
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.008
0.02
1501
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.211
0.2
920
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.318
0.2
1397
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.158
0.2
194
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.169
0.2
60
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.175
0.2
21
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
1.25
1.5
1288
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
1.917
2
2019
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
2.803
3
793
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
4.418
4.5
697
LS精密化 シェル
最高解像度: 1.53 Å / Num. reflection Rwork: 2784 / Total num. of bins used: 20